Code/Projects/SmartPlugDetector/src/main/java/edu/uci/iotproject/comparison/seqalignment/SampleIntegerAlignmentPricer.java

   1 package edu.uci.iotproject.comparison.seqalignment;
   2
   3 /**
   4  * A sample {@link AlignmentPricer} for computing the cost of aligning integer values. In this sample implementation,
   5  * the cost of aligning two integers {@code i1} and {@code i2} is {@code Math.abs(i1 - i2)}, i.e., it is the absolute
   6  * value of the difference between {@code i1} and {@code i2}. The cost of aligning an integer {@code i} with a gap is
   7  * simply {@code i}, i.e., the gap is essentially treated as a zero.
   8  *
   9  * @author Janus Varmarken {@literal <jvarmark@uci.edu>}
  10  * @author Rahmadi Trimananda {@literal <rtrimana@uci.edu>}
  11  */
  12 public class SampleIntegerAlignmentPricer extends AlignmentPricer<Integer> {
  13
  14     /**
  15      * Constructs a new {@link SampleIntegerAlignmentPricer}.
  16      */
  17     public SampleIntegerAlignmentPricer() {
  18         // Cost of aligning integers i1 and i2 is the absolute value of their difference.
  19         // Cost of aligning integer i with a gap is i (as it was aligned with 0).
  20         super((i1,i2) -> Math.abs(i1 - i2) , (i) -> i);
  21     }
  22
  23 }