Robust/src/Benchmarks/Scheduling/JGFMolDyn/MDRunner.java

   1 public class MDRunner {
   2     flag wait;
   3     flag run;
   4     flag update;
   5     flag scale;
   6
   7     public int id;
   8     int mm;
   9     int mdsize;
  10     public int group;
  11     public int ilow, iupper;
  12     //float l;
  13     float rcoff;
  14     //rcoffs,
  15     float side/*sideh,*/;
  16     //float rand;
  17     public float [][] sh_force2;
  18     public float epot;
  19     public float vir;
  20     public float ek;
  21     //int npartm,tint;
  22     //int iprint = 10;
  23     MD md;
  24     Particle[] one;
  25
  26     public MDRunner(int id, MD m) {
  27         this.id=id;
  28         this.md = m;
  29         this.mm=this.md.mm;
  30         //this.l = 50e-10;
  31         this.mdsize = this.md.mdsize;
  32         this.group = this.md.group;
  33         this.side = this.md.side;
  34         this.rcoff = this.mm/(float)4.0;
  35 //      this.rcoffs = this.rcoff * this.rcoff;
  36         //this.sideh = this.side * 0.5;
  37         //this.npartm = this.mdsize - 1;
  38         //this.iprint = 10;
  39         int slice = (this.mdsize - 1) / this.group + 1;
  40         this.ilow = this.id * slice;
  41         this.iupper = (this.id+1) * slice;
  42         if (this.iupper > this.mdsize )  {
  43             iupper = this.mdsize;
  44         }
  45         sh_force2 = new float[3][this.mdsize];
  46
  47         this.one = this.md.one;
  48         this.epot = (float)0.0;//this.md.epot[id+1];
  49         this.vir = (float)0.0;//this.md.vir[id+1];
  50         this.ek = (float)0.0;//this.md.ek[id+1];
  51     }
  52
  53     public void init() {
  54         this.epot = (float)0.0;
  55         this.vir = (float)0.0;
  56         for(int i = 0; i < this.mdsize; i++) {
  57             for(int j = 0; j < 3; j++) {
  58                 this.sh_force2[j][i] = (float)0.0;
  59             }
  60         }
  61     }
  62
  63     public void run() {
  64         /* compute forces */
  65         //System.printString("here 1: " + this.id + "\n");
  66         for (int i = this.ilow; i < this.iupper; i++) {
  67             one[i].force(side,rcoff,mdsize,i,this);
  68         }
  69         //System.printString("here 2: " + this.id + "\n");
  70     }
  71
  72 }