Robust/src/Benchmarks/SingleTM/genome/gene.c

   1 /* =============================================================================
   2  *
   3  * gene.c
   4  * -- Create random gene
   5  *
   6  * =============================================================================
   7  *
   8  * Copyright (C) Stanford University, 2006.  All Rights Reserved.
   9  * Author: Chi Cao Minh
  10  *
  11  * =============================================================================
  12  *
  13  * For the license of bayes/sort.h and bayes/sort.c, please see the header
  14  * of the files.
  15  *
  16  * ------------------------------------------------------------------------
  17  *
  18  * For the license of kmeans, please see kmeans/LICENSE.kmeans
  19  *
  20  * ------------------------------------------------------------------------
  21  *
  22  * For the license of ssca2, please see ssca2/COPYRIGHT
  23  *
  24  * ------------------------------------------------------------------------
  25  *
  26  * For the license of lib/mt19937ar.c and lib/mt19937ar.h, please see the
  27  * header of the files.
  28  *
  29  * ------------------------------------------------------------------------
  30  *
  31  * For the license of lib/rbtree.h and lib/rbtree.c, please see
  32  * lib/LEGALNOTICE.rbtree and lib/LICENSE.rbtree
  33  *
  34  * ------------------------------------------------------------------------
  35  *
  36  * Unless otherwise noted, the following license applies to STAMP files:
  37  *
  38  * Copyright (c) 2007, Stanford University
  39  * All rights reserved.
  40  *
  41  * Redistribution and use in source and binary forms, with or without
  42  * modification, are permitted provided that the following conditions are
  43  * met:
  44  *
  45  *     * Redistributions of source code must retain the above copyright
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  47  *
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  49  *       notice, this list of conditions and the following disclaimer in
  50  *       the documentation and/or other materials provided with the
  51  *       distribution.
  52  *
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  56  *
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  61  * FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR
  62  * CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF
  63  * SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS
  64  * INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN
  65  * CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE)
  66  * ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF
  67  * THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
  68  *
  69  * =============================================================================
  70  */
  71
  72
  73 #include <assert.h>
  74 #include <stdlib.h>
  75 #include "gene.h"
  76 #include "nucleotide.h"
  77 #include "random.h"
  78 #include "tm.h"
  79
  80
  81 /* =============================================================================
  82  * gene_alloc
  83  * -- Does all memory allocation necessary for gene creation
  84  * -- Returns NULL on failure
  85  * =============================================================================
  86  */
  87 gene_t*
  88 gene_alloc (long length)
  89 {
  90     gene_t* genePtr;
  91
  92     assert(length > 1);
  93
  94     genePtr = (gene_t*)malloc(sizeof(gene_t));
  95     if (genePtr == NULL) {
  96         return NULL;
  97     }
  98
  99     genePtr->contents = (char*)malloc((length + 1) * sizeof(char));
 100     if (genePtr->contents == NULL) {
 101         return NULL;
 102     }
 103     genePtr->contents[length] = '\0';
 104     genePtr->length = length;
 105
 106     genePtr->startBitmapPtr = bitmap_alloc(length);
 107     if (genePtr->startBitmapPtr == NULL) {
 108         return NULL;
 109     }
 110
 111     return genePtr;
 112 }
 113
 114
 115 /* =============================================================================
 116  * gene_create
 117  * -- Populate contents with random gene
 118  * =============================================================================
 119  */
 120 void
 121 gene_create (gene_t* genePtr, random_t* randomPtr)
 122 {
 123     long length;
 124     char* contents;
 125     long i;
 126     const char nucleotides[] = {
 127         NUCLEOTIDE_ADENINE,
 128         NUCLEOTIDE_CYTOSINE,
 129         NUCLEOTIDE_GUANINE,
 130         NUCLEOTIDE_THYMINE,
 131     };
 132
 133     assert(genePtr != NULL);
 134     assert(randomPtr != NULL);
 135
 136     length = genePtr->length;
 137     contents = genePtr->contents;
 138
 139     for (i = 0; i < length; i++) {
 140         contents[i] =
 141             nucleotides[(random_generate(randomPtr)% NUCLEOTIDE_NUM_TYPE)];
 142     }
 143 }
 144
 145
 146 /* =============================================================================
 147  * gene_free
 148  * =============================================================================
 149  */
 150 void
 151 gene_free (gene_t* genePtr)
 152 {
 153     bitmap_free(genePtr->startBitmapPtr);
 154     free(genePtr->contents);
 155     free(genePtr);
 156 }
 157
 158
 159 /* =============================================================================
 160  * TEST_GENE
 161  * =============================================================================
 162  */
 163 #ifdef TEST_GENE
 164
 165
 166 #include <assert.h>
 167 #include <stdio.h>
 168 #include <string.h>
 169
 170
 171 int
 172 main ()
 173 {
 174     gene_t* gene1Ptr;
 175     gene_t* gene2Ptr;
 176     gene_t* gene3Ptr;
 177     random_t* randomPtr;
 178
 179     bool_t status = memory_init(1, 4, 2);
 180     assert(status);
 181
 182     puts("Starting...");
 183
 184     gene1Ptr = gene_alloc(10);
 185     gene2Ptr = gene_alloc(10);
 186     gene3Ptr = gene_alloc(9);
 187     randomPtr = random_alloc();
 188
 189     random_seed(randomPtr, 0);
 190     gene_create(gene1Ptr, randomPtr);
 191     random_seed(randomPtr, 1);
 192     gene_create(gene2Ptr, randomPtr);
 193     random_seed(randomPtr, 0);
 194     gene_create(gene3Ptr, randomPtr);
 195
 196     assert(gene1Ptr->length == strlen(gene1Ptr->contents));
 197     assert(gene2Ptr->length == strlen(gene2Ptr->contents));
 198     assert(gene3Ptr->length == strlen(gene3Ptr->contents));
 199
 200     assert(gene1Ptr->length == gene2Ptr->length);
 201     assert(strcmp(gene1Ptr->contents, gene2Ptr->contents) != 0);
 202
 203     assert(gene1Ptr->length == (gene3Ptr->length + 1));
 204     assert(strcmp(gene1Ptr->contents, gene3Ptr->contents) != 0);
 205     assert(strncmp(gene1Ptr->contents,
 206                    gene3Ptr->contents,
 207                    gene3Ptr->length) == 0);
 208
 209     gene_free(gene1Ptr);
 210     gene_free(gene2Ptr);
 211     gene_free(gene3Ptr);
 212     random_free(randomPtr);
 213
 214     puts("All tests passed.");
 215
 216     return 0;
 217 }
 218
 219
 220 #endif /* TEST_GENE */
 221
 222
 223 /* =============================================================================
 224  *
 225  * End of gene.c
 226  *
 227  * =============================================================================
 228  */