Robust/src/Benchmarks/SingleTM/genome/gene.h

   1 /* =============================================================================
   2  *
   3  * gene.h
   4  * -- Create random gene
   5  *
   6  * =============================================================================
   7  *
   8  * Copyright (C) Stanford University, 2006.  All Rights Reserved.
   9  * Author: Chi Cao Minh
  10  *
  11  * =============================================================================
  12  *
  13  * For the license of bayes/sort.h and bayes/sort.c, please see the header
  14  * of the files.
  15  *
  16  * ------------------------------------------------------------------------
  17  *
  18  * For the license of kmeans, please see kmeans/LICENSE.kmeans
  19  *
  20  * ------------------------------------------------------------------------
  21  *
  22  * For the license of ssca2, please see ssca2/COPYRIGHT
  23  *
  24  * ------------------------------------------------------------------------
  25  *
  26  * For the license of lib/mt19937ar.c and lib/mt19937ar.h, please see the
  27  * header of the files.
  28  *
  29  * ------------------------------------------------------------------------
  30  *
  31  * For the license of lib/rbtree.h and lib/rbtree.c, please see
  32  * lib/LEGALNOTICE.rbtree and lib/LICENSE.rbtree
  33  *
  34  * ------------------------------------------------------------------------
  35  *
  36  * Unless otherwise noted, the following license applies to STAMP files:
  37  *
  38  * Copyright (c) 2007, Stanford University
  39  * All rights reserved.
  40  *
  41  * Redistribution and use in source and binary forms, with or without
  42  * modification, are permitted provided that the following conditions are
  43  * met:
  44  *
  45  *     * Redistributions of source code must retain the above copyright
  46  *       notice, this list of conditions and the following disclaimer.
  47  *
  48  *     * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
  49  *       notice, this list of conditions and the following disclaimer in
  50  *       the documentation and/or other materials provided with the
  51  *       distribution.
  52  *
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  55  *       from this software without specific prior written permission.
  56  *
  57  * THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY STANFORD UNIVERSITY ``AS IS'' AND ANY
  58  * EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
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  61  * FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR
  62  * CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF
  63  * SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS
  64  * INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN
  65  * CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE)
  66  * ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF
  67  * THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
  68  *
  69  * =============================================================================
  70  */
  71
  72
  73 #ifndef GENE_H
  74 #define GENE_H 1
  75
  76
  77 #include "bitmap.h"
  78 #include "random.h"
  79
  80
  81 typedef struct gene {
  82     long length;
  83     char* contents;
  84     bitmap_t* startBitmapPtr; /* used for creating segments */
  85 } gene_t;
  86
  87
  88 /* =============================================================================
  89  * gene_alloc
  90  * -- Does all memory allocation necessary for gene creation
  91  * -- Returns NULL on failure
  92  * =============================================================================
  93  */
  94 gene_t*
  95 gene_alloc (long length);
  96
  97
  98 /* =============================================================================
  99  * gene_create
 100  * -- Populate contents with random gene
 101  * =============================================================================
 102  */
 103 void
 104 gene_create (gene_t* genePtr, random_t* randomPtr);
 105
 106
 107 /* =============================================================================
 108  * gene_free
 109  * =============================================================================
 110  */
 111 void
 112 gene_free (gene_t* genePtr);
 113
 114
 115 #endif /* GENE_H */
 116
 117
 118 /* =============================================================================
 119  *
 120  * End of gene.h
 121  *
 122  * =============================================================================
 123  */