Robust/src/Benchmarks/SingleTM/genome/java/Genome.java

   1 /*
   2 "gene.h"
   3 "random.h"
   4 "segments.h"
   5 "sequencer.h"
   6 "thread.h"
   7 "timer.h"
   8 "tm.h"
   9 "vector.h"
  10 "bitmap.h"
  11
  12 */
  13
  14 public class Genome {
  15   long geneLength;
  16   long segmentLength;
  17   long minNumSegment;
  18   long numThread;
  19
  20   Genome(String x[]) {
  21     parseCmdLine(x);
  22   }
  23
  24   public static void main(String x[]){
  25
  26 /*    TIMER_T start; */
  27 /*    TIMER_T stop; */
  28
  29 /*    GOTO_REAL(); */
  30
  31     /* Initialization */
  32 /*    parseArgs(argc, (char** const)argv); */
  33 /*    SIM_GET_NUM_CPU(global_params[PARAM_THREAD]); */
  34
  35     System.out.print("Creating gene and segments... ");
  36     Genome g = new Genome(x);
  37
  38
  39 /*    TM_STARTUP(numThread); */
  40 /*    P_MEMORY_STARTUP(numThread); */
  41 /*    thread_startup(numThread); */
  42
  43     Random randomPtr = new Random();
  44     random_alloc(randomPtr);
  45     random_seed(randomPtr, 0);
  46
  47     Gene genePtr = new Gene(geneLength);
  48     genePtr.create(randomPtr);
  49     String gene = genePtr.contents;
  50
  51     Segments segmentsPtr = new Segments(segmentLength, minNumSegment);
  52     segmentsPtr.create(genePtr, randomPtr);
  53     sequencer_t* sequencerPtr = sequencer_alloc(geneLength, segmentLength, segmentsPtr);
  54     assert(sequencerPtr != NULL);
  55
  56     puts("done.");
  57     printf("Gene length     = %li\n", genePtr->length);
  58     printf("Segment length  = %li\n", segmentsPtr->length);
  59     printf("Number segments = %li\n", vector_getSize(segmentsPtr->contentsPtr));
  60     fflush(stdout);
  61
  62     /* Benchmark */
  63     printf("Sequencing gene... ");
  64     fflush(stdout);
  65     TIMER_READ(start);
  66     GOTO_SIM();
  67 #ifdef OTM
  68 #pragma omp parallel
  69     {
  70         sequencer_run(sequencerPtr);
  71     }
  72 #else
  73     thread_start(sequencer_run, (void*)sequencerPtr);
  74 #endif
  75     GOTO_REAL();
  76     TIMER_READ(stop);
  77     puts("done.");
  78     printf("Time = %lf\n", TIMER_DIFF_SECONDS(start, stop));
  79     fflush(stdout);
  80
  81     /* Check result */
  82     {
  83         char* sequence = sequencerPtr->sequence;
  84         int result = strcmp(gene, sequence);
  85         printf("Sequence matches gene: %s\n", (result ? "no" : "yes"));
  86         if (result) {
  87             printf("gene     = %s\n", gene);
  88             printf("sequence = %s\n", sequence);
  89         }
  90         fflush(stdout);
  91         assert(strlen(sequence) >= strlen(gene));
  92     }
  93
  94     /* Clean up */
  95     printf("Deallocating memory... ");
  96     fflush(stdout);
  97     sequencer_free(sequencerPtr);
  98     segments_free(segmentsPtr);
  99     gene_free(genePtr);
 100     random_free(randomPtr);
 101     puts("done.");
 102     fflush(stdout);
 103
 104     TM_SHUTDOWN();
 105     P_MEMORY_SHUTDOWN();
 106
 107     GOTO_SIM();
 108
 109     thread_shutdown();
 110
 111     MAIN_RETURN(0);
 112   }
 113
 114   public static void parseCmdLine(String args[]) {
 115
 116     int i = 0;
 117     String arg;
 118     while (i < args.length && args[i].startsWith("-")) {
 119       arg = args[i++];
 120       //check options
 121       if(arg.equals("-g")) {
 122         if(i < args.length) {
 123           geneLength = new Integer(args[i++]).intValue();
 124         }
 125       } else if(arg.equals("-s")) {
 126         if(i < args.length) {
 127           segmentLength = new Integer(args[i++]).intValue();
 128         }
 129       } else if(arg.equals("-n")) {
 130         if(i < args.length) {
 131           minNumSegment = new Integer(args[i++]).intValue();
 132         }
 133       } else if(arg.equals("-t")) {
 134         if(i < args.length) {
 135           numThread = new Integer(args[i++]).intValue();
 136         }
 137       }
 138     }
 139   }
 140 }
 141
 142 public enum param_types {
 143     PARAM_GENE    /*= (unsigned char)'g'*/,
 144     PARAM_NUMBER  /*= (unsigned char)'n'*/,
 145     PARAM_SEGMENT /*= (unsigned char)'s'*/,
 146     PARAM_THREAD  /*= (unsigned char)'t',*/
 147 }