Robust/src/Benchmarks/SingleTM/genome/java/Genome.java~

   1 /*
   2 "gene.h"
   3 "random.h"
   4 "segments.h"
   5 "sequencer.h"
   6 "thread.h"
   7 "timer.h"
   8 "tm.h"
   9 "vector.h"
  10 "bitmap.h"
  11
  12 */
  13
  14 public class Genome {
  15   long geneLength;
  16   long segmentLength;
  17   long minNumSegment;
  18   long numThread;
  19
  20   Genome(String x[]) {
  21     parseCmdLine(x);
  22   }
  23
  24   public static void main(String x[]){
  25
  26 /*    TIMER_T start; */
  27 /*    TIMER_T stop; */
  28
  29 /*    GOTO_REAL(); */
  30
  31     /* Initialization */
  32 /*    parseArgs(argc, (char** const)argv); */
  33 /*    SIM_GET_NUM_CPU(global_params[PARAM_THREAD]); */
  34
  35     System.out.print("Creating gene and segments... ");
  36     Genome g = new Genome(x);
  37
  38
  39 /*    TM_STARTUP(numThread); */
  40 /*    P_MEMORY_STARTUP(numThread); */
  41 /*    thread_startup(numThread); */
  42
  43     Random randomPtr = new Random();
  44     random_alloc(randomPtr);
  45     random_seed(randomPtr, 0);
  46
  47     Gene genePtr = new Gene(geneLength);
  48     genePtr.create(randomPtr);
  49     String gene = genePtr.contents;
  50
  51     Segments segmentsPtr = new Segments(segmentLength, minNumSegment);
  52     assert(segmentsPtr != NULL);
  53     segments_create(segmentsPtr, genePtr, randomPtr);
  54     sequencer_t* sequencerPtr = sequencer_alloc(geneLength, segmentLength, segmentsPtr);
  55     assert(sequencerPtr != NULL);
  56
  57     puts("done.");
  58     printf("Gene length     = %li\n", genePtr->length);
  59     printf("Segment length  = %li\n", segmentsPtr->length);
  60     printf("Number segments = %li\n", vector_getSize(segmentsPtr->contentsPtr));
  61     fflush(stdout);
  62
  63     /* Benchmark */
  64     printf("Sequencing gene... ");
  65     fflush(stdout);
  66     TIMER_READ(start);
  67     GOTO_SIM();
  68 #ifdef OTM
  69 #pragma omp parallel
  70     {
  71         sequencer_run(sequencerPtr);
  72     }
  73 #else
  74     thread_start(sequencer_run, (void*)sequencerPtr);
  75 #endif
  76     GOTO_REAL();
  77     TIMER_READ(stop);
  78     puts("done.");
  79     printf("Time = %lf\n", TIMER_DIFF_SECONDS(start, stop));
  80     fflush(stdout);
  81
  82     /* Check result */
  83     {
  84         char* sequence = sequencerPtr->sequence;
  85         int result = strcmp(gene, sequence);
  86         printf("Sequence matches gene: %s\n", (result ? "no" : "yes"));
  87         if (result) {
  88             printf("gene     = %s\n", gene);
  89             printf("sequence = %s\n", sequence);
  90         }
  91         fflush(stdout);
  92         assert(strlen(sequence) >= strlen(gene));
  93     }
  94
  95     /* Clean up */
  96     printf("Deallocating memory... ");
  97     fflush(stdout);
  98     sequencer_free(sequencerPtr);
  99     segments_free(segmentsPtr);
 100     gene_free(genePtr);
 101     random_free(randomPtr);
 102     puts("done.");
 103     fflush(stdout);
 104
 105     TM_SHUTDOWN();
 106     P_MEMORY_SHUTDOWN();
 107
 108     GOTO_SIM();
 109
 110     thread_shutdown();
 111
 112     MAIN_RETURN(0);
 113   }
 114
 115   public static void parseCmdLine(String args[]) {
 116
 117     int i = 0;
 118     String arg;
 119     while (i < args.length && args[i].startsWith("-")) {
 120       arg = args[i++];
 121       //check options
 122       if(arg.equals("-g")) {
 123         if(i < args.length) {
 124           geneLength = new Integer(args[i++]).intValue();
 125         }
 126       } else if(arg.equals("-s")) {
 127         if(i < args.length) {
 128           segmentLength = new Integer(args[i++]).intValue();
 129         }
 130       } else if(arg.equals("-n")) {
 131         if(i < args.length) {
 132           minNumSegment = new Integer(args[i++]).intValue();
 133         }
 134       } else if(arg.equals("-t")) {
 135         if(i < args.length) {
 136           numThread = new Integer(args[i++]).intValue();
 137         }
 138       }
 139     }
 140   }
 141 }
 142
 143 public enum param_types {
 144     PARAM_GENE    /*= (unsigned char)'g'*/,
 145     PARAM_NUMBER  /*= (unsigned char)'n'*/,
 146     PARAM_SEGMENT /*= (unsigned char)'s'*/,
 147     PARAM_THREAD  /*= (unsigned char)'t',*/
 148 }