Robust/src/IR/Flat/RuntimeConflictResolver.java

   1 package IR.Flat;
   2 import java.io.File;
   3 import java.io.FileNotFoundException;
   4 import java.io.PrintWriter;
   5 import java.util.ArrayList;
   6 import java.util.Collection;
   7 import java.util.HashSet;
   8 import java.util.Hashtable;
   9 import java.util.Iterator;
  10 import java.util.Set;
  11 import java.util.Vector;
  12 import Util.Tuple;
  13 import Analysis.Disjoint.*;
  14 import Analysis.MLP.CodePlan;
  15 import IR.TypeDescriptor;
  16 import Analysis.OoOJava.OoOJavaAnalysis;
  17
  18 /* An instance of this class manages all OoOJava coarse-grained runtime conflicts
  19  * by generating C-code to either rule out the conflict at runtime or resolve one.
  20  *
  21  * How to Use:
  22  * 1) Instantiate singleton object (String input is to specify output dir)
  23  * 2) Call setGlobalEffects setGlobalEffects(Hashtable<Taint, Set<Effect>> ) ONCE
  24  * 3) Input SESE blocks, for each block:
  25  *    3a) call addToTraverseToDoList(FlatSESEEnterNode , ReachGraph , Hashtable<Taint, Set<Effect>>) for the seseBlock
  26  *    3b) call String getTraverserInvocation(TempDescriptor, String, FlatSESEEnterNode) to get the name of the traverse method in C
  27  * 4) Call void close()
  28  * Note: All computation is done upon closing the object. Steps 1-3 only input data
  29  */
  30 public class RuntimeConflictResolver {
  31   public static final boolean javaDebug = true;
  32   public static final boolean cSideDebug = true;
  33
  34   private PrintWriter cFile;
  35   private PrintWriter headerFile;
  36   private static final String hashAndQueueCFileDir = "oooJava/";
  37   //This keeps track of taints we've traversed to prevent printing duplicate traverse functions
  38   //The Integer keeps track of the weakly connected group it's in (used in enumerateHeapRoots)
  39   private Hashtable<Taint, Integer> doneTaints;
  40   private Hashtable<Tuple, Integer> idMap=new Hashtable<Tuple,Integer>();
  41   private Hashtable<Taint, Set<Effect>> globalEffects;
  42   private Hashtable<Taint, Set<Effect>> globalConflicts;
  43   private ArrayList<TraversalInfo> toTraverse;
  44
  45   public int currentID=1;
  46
  47   // initializing variables can be found in printHeader()
  48   private static final String getAllocSiteInC = "->allocsite";
  49   private static final String queryVistedHashtable = "hashRCRInsert";
  50   private static final String addToQueueInC = "enqueueRCRQueue(";
  51   private static final String dequeueFromQueueInC = "dequeueRCRQueue()";
  52   private static final String clearQueue = "resetRCRQueue()";
  53   // Make hashtable; hashRCRCreate(unsigned int size, double loadfactor)
  54   private static final String mallocVisitedHashtable = "hashRCRCreate(128, 0.75)";
  55   private static final String deallocVisitedHashTable = "hashRCRDelete()";
  56   private static final String resetVisitedHashTable = "hashRCRreset()";
  57
  58   // Hashtable provides fast access to heaproot # lookups
  59   private Hashtable<Taint, WeaklyConectedHRGroup> connectedHRHash;
  60   private ArrayList<WeaklyConectedHRGroup> num2WeaklyConnectedHRGroup;
  61   private int traverserIDCounter;
  62   private int weaklyConnectedHRCounter;
  63   private ArrayList<TaintAndInternalHeapStructure> pendingPrintout;
  64   private EffectsTable effectsLookupTable;
  65   private OoOJavaAnalysis oooa;
  66
  67   public RuntimeConflictResolver(String buildir, OoOJavaAnalysis oooa) throws FileNotFoundException {
  68     String outputFile = buildir + "RuntimeConflictResolver";
  69     this.oooa=oooa;
  70
  71     cFile = new PrintWriter(new File(outputFile + ".c"));
  72     headerFile = new PrintWriter(new File(outputFile + ".h"));
  73
  74     cFile.println("#include \"" + hashAndQueueCFileDir + "hashRCR.h\"\n#include \""
  75         + hashAndQueueCFileDir + "Queue_RCR.h\"\n#include <stdlib.h>");
  76     cFile.println("#include \"classdefs.h\"");
  77     cFile.println("#include \"structdefs.h\"");
  78     cFile.println("#include \"mlp_runtime.h\"");
  79     cFile.println("#include \"RuntimeConflictResolver.h\"");
  80     cFile.println("#include \"hashStructure.h\"");
  81
  82     headerFile.println("#ifndef __3_RCR_H_");
  83     headerFile.println("#define __3_RCR_H_");
  84
  85     doneTaints = new Hashtable<Taint, Integer>();
  86     connectedHRHash = new Hashtable<Taint, WeaklyConectedHRGroup>();
  87
  88     traverserIDCounter = 1;
  89     weaklyConnectedHRCounter = 0;
  90     pendingPrintout = new ArrayList<TaintAndInternalHeapStructure>();
  91     toTraverse = new ArrayList<TraversalInfo>();
  92     globalConflicts = new Hashtable<Taint, Set<Effect>>();
  93     //Note: globalEffects is not instantiated since it'll be passed in whole while conflicts comes in chunks
  94   }
  95
  96   public void setGlobalEffects(Hashtable<Taint, Set<Effect>> effects) {
  97     globalEffects = effects;
  98
  99     if(javaDebug) {
 100       System.out.println("============EFFECTS LIST AS PASSED IN============");
 101       for(Taint t: globalEffects.keySet()) {
 102         System.out.println("For Taint " + t);
 103         for(Effect e: globalEffects.get(t)) {
 104           System.out.println("\t" + e);
 105         }
 106       }
 107       System.out.println("====================END  LIST====================");
 108     }
 109   }
 110
 111   public void init() {
 112     // Go through the SESE's
 113     for (Iterator<FlatSESEEnterNode> seseit = oooa.getAllSESEs().iterator(); seseit.hasNext();) {
 114       FlatSESEEnterNode fsen = seseit.next();
 115       Analysis.OoOJava.ConflictGraph conflictGraph;
 116       Hashtable<Taint, Set<Effect>> conflicts;
 117       System.out.println("-------");
 118       System.out.println(fsen);
 119       System.out.println(fsen.getIsCallerSESEplaceholder());
 120       System.out.println(fsen.getParent());
 121
 122       if (fsen.getParent() != null) {
 123         conflictGraph = oooa.getConflictGraph(fsen.getParent());
 124         System.out.println("CG=" + conflictGraph);
 125         if (conflictGraph != null)
 126           System.out.println("Conflicts=" + conflictGraph.getConflictEffectSet(fsen));
 127       }
 128
 129       if (!fsen.getIsCallerSESEplaceholder() && fsen.getParent() != null
 130           && (conflictGraph = oooa.getConflictGraph(fsen.getParent())) != null
 131           && (conflicts = conflictGraph.getConflictEffectSet(fsen)) != null) {
 132         FlatMethod fm = fsen.getfmEnclosing();
 133         ReachGraph rg = oooa.getDisjointAnalysis().getReachGraph(fm.getMethod());
 134         if (cSideDebug)
 135           rg.writeGraph("RCR_RG_SESE_DEBUG");
 136
 137         addToTraverseToDoList(fsen, rg, conflicts);
 138       }
 139     }
 140     // Go through the stall sites
 141     for (Iterator<FlatNode> codeit = oooa.getNodesWithPlans().iterator(); codeit.hasNext();) {
 142       FlatNode fn = codeit.next();
 143       CodePlan cp = oooa.getCodePlan(fn);
 144       FlatSESEEnterNode currentSESE = cp.getCurrentSESE();
 145       Analysis.OoOJava.ConflictGraph graph = oooa.getConflictGraph(currentSESE);
 146
 147       if (graph != null) {
 148         Set<Analysis.OoOJava.SESELock> seseLockSet = oooa.getLockMappings(graph);
 149         Set<Analysis.OoOJava.WaitingElement> waitingElementSet =
 150             graph.getStallSiteWaitingElementSet(fn, seseLockSet);
 151
 152         if (waitingElementSet.size() > 0) {
 153           for (Iterator<Analysis.OoOJava.WaitingElement> iterator = waitingElementSet.iterator(); iterator.hasNext();) {
 154             Analysis.OoOJava.WaitingElement waitingElement =
 155                 (Analysis.OoOJava.WaitingElement) iterator.next();
 156
 157             Analysis.OoOJava.ConflictGraph conflictGraph = graph;
 158             Hashtable<Taint, Set<Effect>> conflicts;
 159             ReachGraph rg = oooa.getDisjointAnalysis().getReachGraph(currentSESE.getmdEnclosing());
 160             if (cSideDebug) {
 161               rg.writeGraph("RCR_RG_STALLSITE_DEBUG");
 162             }
 163             if ((conflictGraph != null) && (conflicts = graph.getConflictEffectSet(fn)) != null
 164                 && (rg != null)) {
 165               addToTraverseToDoList(fn, waitingElement.getTempDesc(), rg, conflicts);
 166             }
 167           }
 168         }
 169       }
 170     }
 171
 172     buildEffectsLookupStructure();
 173     runAllTraversals();
 174   }
 175
 176   /*
 177    * Basic Strategy:
 178    * 1) Get global effects and conflicts
 179    * 2) Create a hash structure (EffectsTable) to manage effects (hashed by affected Allocsite, then taint, then field)
 180    *     2a) Use Effects to verify we can access something (reads)
 181    *     2b) Use conflicts to mark conflicts (read/write/strongupdate)
 182    *     2c) At second level of hash, store Heaproots that can cause conflicts at the field
 183    * 3) Walk hash structure to identify and enumerate weakly connected groups and generate waiting queue slots.
 184    * 4) Build internal representation of the rgs (pruned)
 185    * 5) Print c methods by walking internal representation
 186    */
 187
 188   public void addToTraverseToDoList(FlatSESEEnterNode rblock, ReachGraph rg, Hashtable<Taint, Set<Effect>> conflicts) {
 189     //Add to todo list
 190     toTraverse.add(new TraversalInfo(rblock, rg));
 191
 192     //Add to Global conflicts
 193     for(Taint t: conflicts.keySet()) {
 194       if(globalConflicts.containsKey(t)) {
 195         globalConflicts.get(t).addAll(conflicts.get(t));
 196       } else {
 197         globalConflicts.put(t, conflicts.get(t));
 198       }
 199     }
 200   }
 201
 202
 203   public void addToTraverseToDoList(FlatNode fn, TempDescriptor tempDesc,
 204       ReachGraph rg, Hashtable<Taint, Set<Effect>> conflicts) {
 205     toTraverse.add(new TraversalInfo(fn, rg, tempDesc));
 206
 207     for(Taint t: conflicts.keySet()) {
 208       if(globalConflicts.containsKey(t)) {
 209         globalConflicts.get(t).addAll(conflicts.get(t));
 210       } else {
 211         globalConflicts.put(t, conflicts.get(t));
 212       }
 213     }
 214   }
 215
 216   private void traverseSESEBlock(FlatSESEEnterNode rblock, ReachGraph rg) {
 217     Collection<TempDescriptor> inVars = rblock.getInVarSet();
 218
 219     if (inVars.size() == 0)
 220       return;
 221     System.out.println("RBLOCK:"+rblock);
 222     System.out.println("["+inVars+"]");
 223
 224     // For every non-primitive variable, generate unique method
 225     for (TempDescriptor invar : inVars) {
 226       TypeDescriptor type = invar.getType();
 227       if(type.isPrimitive()) {
 228         continue;
 229       }
 230       System.out.println(invar);
 231       //created stores nodes with specific alloc sites that have been traversed while building
 232       //internal data structure. It is later traversed sequentially to find inset variables and
 233       //build output code.
 234       //NOTE: Integer stores Allocation Site ID in hashtable
 235       Hashtable<Integer, ConcreteRuntimeObjNode> created = new Hashtable<Integer, ConcreteRuntimeObjNode>();
 236       VariableNode varNode = rg.getVariableNodeNoMutation(invar);
 237       Taint taint = getProperTaintForFlatSESEEnterNode(rblock, varNode, globalEffects);
 238       if (taint == null) {
 239         printDebug(javaDebug, "Null FOR " +varNode.getTempDescriptor().getSafeSymbol() + rblock.toPrettyString());
 240         continue;
 241       }
 242
 243       //This is to prevent duplicate traversals from being generated
 244       if(doneTaints.containsKey(taint))
 245         return;
 246
 247       doneTaints.put(taint, traverserIDCounter++);
 248       createConcreteGraph(effectsLookupTable, created, varNode, taint);
 249
 250
 251       //This will add the taint to the printout, there will be NO duplicates (checked above)
 252       if(!created.isEmpty()) {
 253         for(Iterator<ConcreteRuntimeObjNode> it=created.values().iterator();it.hasNext();) {
 254           ConcreteRuntimeObjNode obj=it.next();
 255           if (obj.hasPrimitiveConflicts()||obj.decendantsConflict()) {
 256             rblock.addInVarForDynamicCoarseConflictResolution(invar);
 257             break;
 258           }
 259         }
 260
 261         pendingPrintout.add(new TaintAndInternalHeapStructure(taint, created));
 262       }
 263     }
 264   }
 265
 266   private void traverseStallSite(FlatNode enterNode, TempDescriptor invar, ReachGraph rg) {
 267     TypeDescriptor type = invar.getType();
 268     if(type == null || type.isPrimitive()) {
 269       return;
 270     }
 271
 272     Hashtable<Integer, ConcreteRuntimeObjNode> created = new Hashtable<Integer, ConcreteRuntimeObjNode>();
 273     VariableNode varNode = rg.getVariableNodeNoMutation(invar);
 274     Taint taint = getProperTaintForEnterNode(enterNode, varNode, globalEffects);
 275
 276     if (taint == null) {
 277       printDebug(javaDebug, "Null FOR " +varNode.getTempDescriptor().getSafeSymbol() + enterNode.toString());
 278       return;
 279     }
 280
 281     if(doneTaints.containsKey(taint))
 282       return;
 283
 284     doneTaints.put(taint, traverserIDCounter++);
 285     createConcreteGraph(effectsLookupTable, created, varNode, taint);
 286
 287     if (!created.isEmpty()) {
 288       pendingPrintout.add(new TaintAndInternalHeapStructure(taint, created));
 289     }
 290   }
 291
 292   public String getTraverserInvocation(TempDescriptor invar, String varString, FlatNode fn) {
 293     String flatname;
 294     if(fn instanceof FlatSESEEnterNode) {
 295       flatname = ((FlatSESEEnterNode) fn).getPrettyIdentifier();
 296     } else {
 297       flatname = fn.toString();
 298     }
 299
 300     return "traverse___" + invar.getSafeSymbol() +
 301     removeInvalidChars(flatname) + "___("+varString+");";
 302   }
 303
 304   public int getTraverserID(TempDescriptor invar, FlatNode fn) {
 305     Tuple t=new Tuple(invar, fn);
 306     if (idMap.containsKey(t))
 307       return idMap.get(t).intValue();
 308     int value=currentID++;
 309     idMap.put(t, new Integer(value));
 310     return value;
 311   }
 312
 313   public String removeInvalidChars(String in) {
 314     StringBuilder s = new StringBuilder(in);
 315     for(int i = 0; i < s.length(); i++) {
 316       if(s.charAt(i) == ' ' || s.charAt(i) == '.' || s.charAt(i) == '='||s.charAt(i)=='['||s.charAt(i)==']') {
 317         s.deleteCharAt(i);
 318         i--;
 319       }
 320     }
 321     return s.toString();
 322   }
 323
 324   public void close() {
 325     //prints out all generated code
 326     for(TaintAndInternalHeapStructure ths: pendingPrintout) {
 327       printCMethod(ths.nodesInHeap, ths.t);
 328     }
 329
 330     //Prints out the master traverser Invocation that'll call all other traversers
 331     //based on traverserID
 332     printMasterTraverserInvocation();
 333     printResumeTraverserInvocation();
 334
 335     //TODO this is only temporary, remove when thread local vars implemented.
 336     createMasterHashTableArray();
 337
 338     // Adds Extra supporting methods
 339     cFile.println("void initializeStructsRCR() {\n  " + mallocVisitedHashtable + ";\n  " + clearQueue + ";\n}");
 340     cFile.println("void destroyRCR() {\n  " + deallocVisitedHashTable + ";\n}");
 341
 342     headerFile.println("void initializeStructsRCR();\nvoid destroyRCR();");
 343     headerFile.println("#endif\n");
 344
 345     cFile.close();
 346     headerFile.close();
 347   }
 348
 349   //Builds Effects Table and runs the analysis on them to get weakly connected HRs
 350   //SPECIAL NOTE: Only runs after we've taken all the conflicts and effects
 351   private void buildEffectsLookupStructure(){
 352     effectsLookupTable = new EffectsTable(globalEffects, globalConflicts);
 353     effectsLookupTable.runAnalysis();
 354     enumerateHeaproots();
 355   }
 356
 357   private void runAllTraversals() {
 358     for(TraversalInfo t: toTraverse) {
 359       printDebug(javaDebug, "Running Traversal a traversal on " + t.f);
 360
 361       if(t.f instanceof FlatSESEEnterNode) {
 362         traverseSESEBlock((FlatSESEEnterNode)t.f, t.rg);
 363       } else {
 364         if(t.invar == null) {
 365           System.out.println("RCR ERROR: Attempted to run a stall site traversal with NO INVAR");
 366         } else {
 367           traverseStallSite(t.f, t.invar, t.rg);
 368         }
 369       }
 370
 371     }
 372   }
 373
 374   //TODO: This is only temporary, remove when thread local variables are functional.
 375   private void createMasterHashTableArray() {
 376     headerFile.println("void createAndFillMasterHashStructureArray();");
 377     cFile.println("void createAndFillMasterHashStructureArray() {\n" +
 378                 "  rcr_createMasterHashTableArray("+weaklyConnectedHRCounter + ");");
 379
 380     for(int i = 0; i < weaklyConnectedHRCounter; i++) {
 381       cFile.println("  allHashStructures["+i+"] = (HashStructure *) rcr_createHashtable("+num2WeaklyConnectedHRGroup.get(i).connectedHRs.size()+");");
 382     }
 383     cFile.println("}");
 384   }
 385
 386   private void printMasterTraverserInvocation() {
 387     headerFile.println("\nint tasktraverse(SESEcommon * record);");
 388     cFile.println("\nint tasktraverse(SESEcommon * record) {");
 389     cFile.println("  if(!CAS(&record->rcrstatus,1,2)) return;");
 390     cFile.println("  switch(record->classID) {");
 391
 392     for(Iterator<FlatSESEEnterNode> seseit=oooa.getAllSESEs().iterator();seseit.hasNext();) {
 393       FlatSESEEnterNode fsen=seseit.next();
 394       cFile.println(    "    /* "+fsen.getPrettyIdentifier()+" */");
 395       cFile.println(    "    case "+fsen.getIdentifier()+": {");
 396       cFile.println(    "      "+fsen.getSESErecordName()+" * rec=("+fsen.getSESErecordName()+" *) record;");
 397       Vector<TempDescriptor> invars=fsen.getInVarsForDynamicCoarseConflictResolution();
 398       for(int i=0;i<invars.size();i++) {
 399         TempDescriptor tmp=invars.get(i);
 400         cFile.println("      " + this.getTraverserInvocation(tmp, "rec->"+tmp+", rec", fsen));
 401       }
 402       cFile.println(    "    }");
 403       cFile.println(    "    break;");
 404     }
 405
 406     for(Taint t: doneTaints.keySet()) {
 407       if (t.isStallSiteTaint()){
 408         cFile.println(    "    case -" + getTraverserID(t.getVar(), t.getStallSite())+ ": {");
 409         cFile.println(    "      SESEstall * rec=(SESEstall*) record;");
 410         cFile.println(    "      " + this.getTraverserInvocation(t.getVar(), "rec->___obj___, rec", t.getStallSite())+";");
 411         cFile.println(    "    }");
 412         cFile.println("    break;");
 413       }
 414     }
 415
 416     cFile.println("    default:\n    printf(\"Invalid SESE ID was passed in.\\n\");\n    break;");
 417
 418     cFile.println("  }");
 419     cFile.println("}");
 420   }
 421
 422
 423   //This will print the traverser invocation that takes in a traverserID and starting ptr
 424   private void printResumeTraverserInvocation() {
 425     headerFile.println("\nint traverse(void * startingPtr, SESEcommon * record, int traverserID);");
 426     cFile.println("\nint traverse(void * startingPtr, SESEcommon *record, int traverserID) {");
 427     cFile.println("  switch(traverserID) {");
 428
 429     for(Taint t: doneTaints.keySet()) {
 430       cFile.println("  case " + doneTaints.get(t)+ ":");
 431       if(t.isRBlockTaint()) {
 432         cFile.println("    " + this.getTraverserInvocation(t.getVar(), "startingPtr, ("+t.getSESE().getSESErecordName()+" *)record", t.getSESE()));
 433       } else if (t.isStallSiteTaint()){
 434         cFile.println("/*    " + this.getTraverserInvocation(t.getVar(), "startingPtr, record", t.getStallSite())+"*/");
 435       } else {
 436         System.out.println("RuntimeConflictResolver encountered a taint that is neither SESE nor stallsite: " + t);
 437       }
 438       cFile.println("    break;");
 439     }
 440
 441     if(RuntimeConflictResolver.cSideDebug) {
 442       cFile.println("  default:\n    printf(\"Invalid traverser ID %u was passed in.\\n\", traverserID);\n    break;");
 443     } else {
 444       cFile.println("  default:\n    break;");
 445     }
 446
 447     cFile.println(" }");
 448     cFile.println("}");
 449   }
 450
 451   private void createConcreteGraph(
 452       EffectsTable table,
 453       Hashtable<Integer, ConcreteRuntimeObjNode> created,
 454       VariableNode varNode,
 455       Taint t) {
 456
 457     // if table is null that means there's no conflicts, therefore we need not
 458     // create a traversal
 459     if (table == null)
 460       return;
 461
 462     Iterator<RefEdge> possibleEdges = varNode.iteratorToReferencees();
 463     while (possibleEdges.hasNext()) {
 464       RefEdge edge = possibleEdges.next();
 465       assert edge != null;
 466
 467       ConcreteRuntimeObjNode singleRoot = new ConcreteRuntimeObjNode(edge.getDst(), true, false);
 468       int rootKey = singleRoot.allocSite.getUniqueAllocSiteID();
 469
 470       if (!created.containsKey(rootKey)) {
 471         created.put(rootKey, singleRoot);
 472         createHelper(singleRoot, edge.getDst().iteratorToReferencees(), created, table, t);
 473       }
 474     }
 475   }
 476
 477   // Plan is to add stuff to the tree depth-first sort of way. That way, we can
 478   // propagate up conflicts
 479   private void createHelper(ConcreteRuntimeObjNode curr,
 480                             Iterator<RefEdge> edges,
 481                             Hashtable<Integer, ConcreteRuntimeObjNode> created,
 482                             EffectsTable table,
 483                             Taint taint) {
 484     assert table != null;
 485     AllocSite parentKey = curr.allocSite;
 486     EffectsGroup currEffects = table.getEffects(parentKey, taint);
 487
 488     if (currEffects == null || currEffects.isEmpty())
 489       return;
 490
 491     //Handle Objects (and primitives if child is new)
 492     if(currEffects.hasObjectEffects()) {
 493       while(edges.hasNext()) {
 494         RefEdge edge = edges.next();
 495         String field = edge.getField();
 496         CombinedObjEffects effectsForGivenField = currEffects.getObjEffect(field);
 497         //If there are no effects, then there's no point in traversing this edge
 498         if(effectsForGivenField != null) {
 499           HeapRegionNode childHRN = edge.getDst();
 500           int childKey = childHRN.getAllocSite().getUniqueAllocSiteID();
 501           boolean isNewChild = !created.containsKey(childKey);
 502           ConcreteRuntimeObjNode child;
 503
 504           if(isNewChild) {
 505             child = new ConcreteRuntimeObjNode(childHRN, false, curr.isObjectArray());
 506             created.put(childKey, child);
 507           } else {
 508             child = created.get(childKey);
 509           }
 510
 511           curr.addObjChild(field, child, effectsForGivenField);
 512
 513           if (effectsForGivenField.hasConflict()) {
 514             child.hasPotentialToBeIncorrectDueToConflict = true;
 515             propagateObjConflict(curr, child);
 516           }
 517
 518           if(effectsForGivenField.hasReadEffect) {
 519             child.addReachableParent(curr);
 520
 521             //If isNewChild, flag propagation will be handled at recursive call
 522             if(isNewChild) {
 523               createHelper(child, childHRN.iteratorToReferencees(), created, table, taint);
 524             } else {
 525             //This makes sure that all conflicts below the child is propagated up the referencers.
 526               if(child.decendantsPrimConflict || child.hasPrimitiveConflicts()) {
 527                 propagatePrimConflict(child, child.enqueueToWaitingQueueUponConflict);
 528               }
 529
 530               if(child.decendantsObjConflict) {
 531                 propagateObjConflict(child, child.enqueueToWaitingQueueUponConflict);
 532               }
 533             }
 534           }
 535         }
 536       }
 537     }
 538
 539     //Handles primitives
 540     curr.primitiveConflictingFields = currEffects.primitiveConflictingFields;
 541     if(currEffects.hasPrimitiveConflicts()) {
 542       //Reminder: primitive conflicts are abstracted to object.
 543       propagatePrimConflict(curr, curr);
 544     }
 545   }
 546
 547   // This will propagate the conflict up the data structure.
 548   private void propagateObjConflict(ConcreteRuntimeObjNode curr, HashSet<ConcreteRuntimeObjNode> pointsOfAccess) {
 549     for(ConcreteRuntimeObjNode referencer: curr.parentsWithReadToNode) {
 550       if(curr.parentsThatWillLeadToConflicts.add(referencer) || //case where referencee has never seen referncer
 551           (pointsOfAccess != null && referencer.addPossibleWaitingQueueEnqueue(pointsOfAccess))) // case where referencer has never seen possible unresolved referencee below
 552       {
 553         referencer.decendantsObjConflict = true;
 554         propagateObjConflict(referencer, pointsOfAccess);
 555       }
 556     }
 557   }
 558
 559   private void propagateObjConflict(ConcreteRuntimeObjNode curr, ConcreteRuntimeObjNode pointOfAccess) {
 560     for(ConcreteRuntimeObjNode referencer: curr.parentsWithReadToNode) {
 561       if(curr.parentsThatWillLeadToConflicts.add(referencer) || //case where referencee has never seen referncer
 562           (pointOfAccess != null && referencer.addPossibleWaitingQueueEnqueue(pointOfAccess))) // case where referencer has never seen possible unresolved referencee below
 563       {
 564         referencer.decendantsObjConflict = true;
 565         propagateObjConflict(referencer, pointOfAccess);
 566       }
 567     }
 568   }
 569
 570   private void propagatePrimConflict(ConcreteRuntimeObjNode curr, HashSet<ConcreteRuntimeObjNode> pointsOfAccess) {
 571     for(ConcreteRuntimeObjNode referencer: curr.parentsWithReadToNode) {
 572       if(curr.parentsThatWillLeadToConflicts.add(referencer) || //same cases as above
 573           (pointsOfAccess != null && referencer.addPossibleWaitingQueueEnqueue(pointsOfAccess)))
 574       {
 575         referencer.decendantsPrimConflict = true;
 576         propagatePrimConflict(referencer, pointsOfAccess);
 577       }
 578     }
 579   }
 580
 581   private void propagatePrimConflict(ConcreteRuntimeObjNode curr, ConcreteRuntimeObjNode pointOfAccess) {
 582     for(ConcreteRuntimeObjNode referencer: curr.parentsWithReadToNode) {
 583       if(curr.parentsThatWillLeadToConflicts.add(referencer) || //same cases as above
 584           (pointOfAccess != null && referencer.addPossibleWaitingQueueEnqueue(pointOfAccess)))
 585       {
 586         referencer.decendantsPrimConflict = true;
 587         propagatePrimConflict(referencer, pointOfAccess);
 588       }
 589     }
 590   }
 591
 592   /*
 593    * This method generates a C method for every inset variable and rblock.
 594    *
 595    * The C method works by generating a large switch statement that will run the appropriate
 596    * checking code for each object based on its allocation site. The switch statement is
 597    * surrounded by a while statement which dequeues objects to be checked from a queue. An
 598    * object is added to a queue only if it contains a conflict (in itself or in its referencees)
 599    *  and we came across it while checking through it's referencer. Because of this property,
 600    *  conflicts will be signaled by the referencer; the only exception is the inset variable which can
 601    *  signal a conflict within itself.
 602    */
 603
 604   private void printCMethod(Hashtable<Integer, ConcreteRuntimeObjNode> created, Taint taint) {
 605     String inVar = taint.getVar().getSafeSymbol();
 606     String rBlock;
 607
 608     if(taint.isStallSiteTaint()) {
 609       rBlock = taint.getStallSite().toString();
 610     } else if(taint.isRBlockTaint()) {
 611       rBlock = taint.getSESE().getPrettyIdentifier();
 612     } else {
 613       System.out.println("RCR CRITICAL ERROR: TAINT IS NEITHER A STALLSITE NOR SESE! " + taint.toString());
 614       return;
 615     }
 616
 617     //This hash table keeps track of all the case statements generated.
 618     Hashtable<AllocSite, StringBuilder> cases = new Hashtable<AllocSite, StringBuilder>();
 619
 620     //Generate C cases
 621     for (ConcreteRuntimeObjNode node : created.values()) {
 622       printDebug(javaDebug, "Considering " + node.allocSite + " for traversal");
 623       if (!cases.containsKey(node.allocSite) && qualifiesForCaseStatement(node)) {
 624         printDebug(javaDebug, "+\t" + node.allocSite + " qualified for case statement");
 625         addChecker(taint, node, cases, null, "ptr", 0);
 626       }
 627     }
 628
 629     String methodName;
 630     int index=-1;
 631
 632     if (taint.isStallSiteTaint()) {
 633       methodName= "void traverse___" + inVar + removeInvalidChars(rBlock) + "___(void * InVar, SESEstall *record)";
 634     } else {
 635       methodName= "void traverse___" + inVar + removeInvalidChars(rBlock) + "___(void * InVar, "+taint.getSESE().getSESErecordName() +" *record)";
 636       FlatSESEEnterNode fsese=taint.getSESE();
 637       TempDescriptor tmp=taint.getVar();
 638       index=fsese.getInVarsForDynamicCoarseConflictResolution().indexOf(tmp);
 639     }
 640
 641     cFile.println(methodName + " {");
 642     headerFile.println(methodName + ";");
 643
 644     if(cSideDebug) {
 645       cFile.println("printf(\"The traverser ran for " + methodName + "\\n\");");
 646     }
 647
 648     if(cases.size() == 0) {
 649       cFile.println(" return;");
 650     } else {
 651       cFile.println("    int totalcount=RUNBIAS;\n");
 652
 653       if (taint.isStallSiteTaint()) {
 654         cFile.println("    record->rcrRecords[0].count=RUNBIAS;\n");
 655       } else {
 656         cFile.println("    record->rcrRecords["+index+"].count=RUNBIAS;\n");
 657         cFile.println("    record->rcrRecords["+index+"].index=0;\n");
 658       }
 659
 660       //clears queue and hashtable that keeps track of where we've been.
 661       cFile.println(clearQueue + ";\n" + resetVisitedHashTable + ";");
 662       //generic cast to ___Object___ to access ptr->allocsite field.
 663       cFile.println("struct ___Object___ * ptr = (struct ___Object___ *) InVar;\nif (InVar != NULL) {\n " + queryVistedHashtable + "(ptr);\n do {");
 664       if (taint.isRBlockTaint()) {
 665         cFile.println("  if(unlikely(record->common.doneExecuting)) {");
 666         cFile.println("    record->common.rcrstatus=0;");
 667         cFile.println("    return;");
 668         cFile.println("  }");
 669       }
 670       cFile.println("  switch(ptr->allocsite) {");
 671
 672       for(AllocSite singleCase: cases.keySet()) {
 673         cFile.append(cases.get(singleCase));
 674       }
 675
 676       cFile.println("  default:\n    break; ");
 677       cFile.println("  }\n } while((ptr = " + dequeueFromQueueInC + ") != NULL);\n}");
 678
 679       if (taint.isStallSiteTaint()) {
 680         //need to add this
 681         cFile.println("     if(atomic_sub_and_test(RUNBIAS-totalcount,&(record->rcrRecords[0].count))) {");
 682         cFile.println("         psem_give_tag(record->common.parentsStallSem, record->tag);");
 683         cFile.println("         BARRIER();");
 684         cFile.println("         record->common.rcrstatus=0;");
 685         cFile.println("}");
 686       } else {
 687         cFile.println("     if(atomic_sub_and_test(RUNBIAS-totalcount,&(record->rcrRecords["+index+"].count))) {");
 688         cFile.println("        int flag=LOCKXCHG32(&(record->rcrRecords["+index+"].flag),0);");
 689         cFile.println("        if(flag) {");
 690         //we have resolved a heap root...see if this was the last dependence
 691         cFile.println("            if(atomic_sub_and_test(1, &(record->common.unresolvedDependencies))) workScheduleSubmit((void *)record);");
 692         cFile.println("        }");
 693         cFile.println("     }");
 694         cFile.println("     record->common.rcrstatus=0;");
 695       }
 696     }
 697     cFile.println("}");
 698     cFile.flush();
 699   }
 700
 701   /*
 702    * addChecker creates a case statement for every object that is an inset variable, has more
 703    * than 1 parent && has conflicts, or where resumes are possible (from waiting queue).
 704    * See .qualifiesForCaseStatement
 705    */
 706   private void addChecker(Taint taint,
 707                           ConcreteRuntimeObjNode node,
 708                           Hashtable<AllocSite,StringBuilder> cases,
 709                           StringBuilder possibleContinuingCase,
 710                           String prefix,
 711                           int depth) {
 712     StringBuilder currCase = possibleContinuingCase;
 713     if(qualifiesForCaseStatement(node)) {
 714       assert prefix.equals("ptr") && !cases.containsKey(node.allocSite);
 715       currCase = new StringBuilder();
 716       cases.put(node.allocSite, currCase);
 717       currCase.append("  case " + node.getAllocationSite() + ": {\n");
 718     }
 719     //either currCase is continuing off a parent case or is its own.
 720     assert currCase !=null;
 721
 722     boolean primConfRead=false;
 723     boolean primConfWrite=false;
 724     boolean objConfRead=false;
 725     boolean objConfWrite=false;
 726
 727     //Primitives Test
 728     for(String field: node.primitiveConflictingFields.keySet()) {
 729       CombinedObjEffects effect=node.primitiveConflictingFields.get(field);
 730       primConfRead|=effect.hasReadConflict;
 731       primConfWrite|=effect.hasWriteConflict;
 732     }
 733
 734     //Object Reference Test
 735     for(String field: node.objectRefs.keySet()) {
 736       for(ObjRef ref: node.objectRefs.get(field)) {
 737         CombinedObjEffects effect=ref.myEffects;
 738         objConfRead|=effect.hasReadConflict;
 739         objConfWrite|=effect.hasWriteConflict;
 740       }
 741     }
 742
 743     int index=-1;
 744     if (taint.isRBlockTaint()) {
 745       FlatSESEEnterNode fsese=taint.getSESE();
 746       TempDescriptor tmp=taint.getVar();
 747       index=fsese.getInVarsForDynamicCoarseConflictResolution().indexOf(tmp);
 748     }
 749
 750     String strrcr=taint.isRBlockTaint()?"&record->rcrRecords["+index+"], ":"NULL, ";
 751
 752     //Do call if we need it.
 753     if(primConfWrite||objConfWrite) {
 754       int heaprootNum = connectedHRHash.get(taint).id;
 755       assert heaprootNum != -1;
 756       int allocSiteID = connectedHRHash.get(taint).getWaitingQueueBucketNum(node);
 757       int traverserID = doneTaints.get(taint);
 758         currCase.append("    int tmpkey"+depth+"=rcr_generateKey("+prefix+");\n");
 759       if (objConfRead)
 760         currCase.append("    int tmpvar"+depth+"=rcr_WTWRITEBINCASE(allHashStructures["+heaprootNum+"], tmpkey"+depth+", (SESEcommon *) record, "+strrcr+index+");\n");
 761       else
 762         currCase.append("    int tmpvar"+depth+"=rcr_WRITEBINCASE(allHashStructures["+heaprootNum+"], tmpkey"+depth+", (SESEcommon *) record, "+strrcr+index+");\n");
 763     } else if (primConfRead||objConfRead) {
 764       int heaprootNum = connectedHRHash.get(taint).id;
 765       assert heaprootNum != -1;
 766       int allocSiteID = connectedHRHash.get(taint).getWaitingQueueBucketNum(node);
 767       int traverserID = doneTaints.get(taint);
 768       currCase.append("    int tmpkey"+depth+"=rcr_generateKey("+prefix+");\n");
 769       if (objConfRead)
 770         currCase.append("    int tmpvar"+depth+"=rcr_WTREADBINCASE(allHashStructures["+heaprootNum+"], tmpkey"+depth+", (SESEcommon *) record, "+strrcr+index+");\n");
 771       else
 772         currCase.append("    int tmpvar"+depth+"=rcr_READBINCASE(allHashStructures["+heaprootNum+"], tmpkey"+depth+", (SESEcommon *) record, "+strrcr+index+");\n");
 773     }
 774
 775     if(primConfWrite||objConfWrite||primConfRead||objConfRead) {
 776       currCase.append("if (!(tmpvar"+depth+"&READYMASK)) totalcount--;\n");
 777     }
 778
 779     int pdepth=depth+1;
 780     currCase.append("{\n");
 781     //Array Case
 782     if(node.isObjectArray() && node.decendantsConflict()) {
 783       //since each array element will get its own case statement, we just need to enqueue each item into the queue
 784       //note that the ref would be the actual object and node would be of struct ArrayObject
 785
 786       ArrayList<Integer> allocSitesWithProblems = node.getReferencedAllocSites();
 787       if(!allocSitesWithProblems.isEmpty()) {
 788         String childPtr = "((struct ___Object___ **)(((char *) &(((struct ArrayObject *)"+ prefix+")->___length___))+sizeof(int)))[i]";
 789         String currPtr = "arrayElement" + pdepth;
 790
 791         //This is done with the assumption that an array of object stores pointers.
 792         currCase.append("{\n  int i;\n");
 793         currCase.append("  for(i = 0; i<((struct ArrayObject *) " + prefix + " )->___length___; i++ ) {\n");
 794         currCase.append("    struct ___Object___ *"+currPtr+" = "+childPtr+";\n");
 795         currCase.append("    if( arrayElement"+pdepth+" != NULL) {\n");
 796
 797         //There should be only one field, hence we only take the first field in the keyset.
 798         assert node.objectRefs.keySet().size() <= 1;
 799         ArrayList<ObjRef> refsAtParticularField = node.objectRefs.get(node.objectRefs.keySet().iterator().next());
 800         printObjRefSwitchStatement(taint,cases,pdepth,currCase,refsAtParticularField,childPtr,currPtr);
 801         currCase.append("      }}}\n");
 802       }
 803     } else {
 804     //All other cases
 805       for(String field: node.objectRefs.keySet()) {
 806         ArrayList<ObjRef> refsAtParticularField = node.objectRefs.get(field);
 807         String childPtr = "((struct "+node.original.getType().getSafeSymbol()+" *)"+prefix +")->___" + field + "___";
 808         String currPtr = "myPtr" + pdepth;
 809         currCase.append("    struct ___Object___ * "+currPtr+"= (struct ___Object___ * ) " + childPtr + ";\n");
 810         currCase.append("    if (" + currPtr + " != NULL) { ");
 811
 812         printObjRefSwitchStatement(taint, cases, depth, currCase, refsAtParticularField, childPtr, currPtr);
 813         currCase.append("}");
 814       }
 815     }
 816
 817     currCase.append("}\n"); //For particular top level case statement.
 818
 819     if(qualifiesForCaseStatement(node)) {
 820       currCase.append("  }\n  break;\n");
 821     }
 822   }
 823
 824   private void printObjRefSwitchStatement(Taint taint, Hashtable<AllocSite, StringBuilder> cases,
 825       int pDepth, StringBuilder currCase, ArrayList<ObjRef> refsAtParticularField, String childPtr,
 826       String currPtr) {
 827     currCase.append("    switch(" + currPtr + getAllocSiteInC + ") {\n");
 828
 829     for(ObjRef ref: refsAtParticularField) {
 830       if(ref.child.decendantsConflict() || ref.child.hasPrimitiveConflicts()) {
 831         currCase.append("      case "+ref.allocSite+":\n      {\n");
 832         //The hash insert is here because we don't want to enqueue things unless we know it conflicts.
 833         currCase.append("        if (" + queryVistedHashtable +"("+ currPtr + ")) {\n");
 834
 835         if (ref.child.getNumOfReachableParents() == 1 && !ref.child.isInsetVar) {
 836           addChecker(taint, ref.child, cases, currCase, currPtr, pDepth + 1);
 837         }
 838         else {
 839           currCase.append("        " + addToQueueInC + childPtr + ");\n ");
 840         }
 841         currCase.append("    }\n");  //close for queryVistedHashtable
 842
 843         currCase.append("}\n"); //close for internal case statement
 844       }
 845     }
 846
 847     currCase.append("    default:\n" +
 848                             "       break;\n"+
 849                             "    }\n"); //internal switch.
 850   }
 851
 852   private boolean qualifiesForCaseStatement(ConcreteRuntimeObjNode node) {
 853     return (
 854         //insetVariable case
 855         (node.isInsetVar && (node.decendantsConflict() || node.hasPrimitiveConflicts())) ||
 856         //non-inline-able code cases
 857         (node.getNumOfReachableParents() != 1 && node.decendantsConflict()) ||
 858         //Cases where resumes are possible
 859         (node.hasPotentialToBeIncorrectDueToConflict) && node.decendantsObjConflict);
 860   }
 861
 862   private Taint getProperTaintForFlatSESEEnterNode(FlatSESEEnterNode rblock, VariableNode var,
 863       Hashtable<Taint, Set<Effect>> effects) {
 864     Set<Taint> taints = effects.keySet();
 865     for (Taint t : taints) {
 866       FlatSESEEnterNode sese = t.getSESE();
 867       if(sese != null && sese.equals(rblock) && t.getVar().equals(var.getTempDescriptor())) {
 868         return t;
 869       }
 870     }
 871     return null;
 872   }
 873
 874
 875   private Taint getProperTaintForEnterNode(FlatNode stallSite, VariableNode var,
 876       Hashtable<Taint, Set<Effect>> effects) {
 877     Set<Taint> taints = effects.keySet();
 878     for (Taint t : taints) {
 879       FlatNode flatnode = t.getStallSite();
 880       if(flatnode != null && flatnode.equals(stallSite) && t.getVar().equals(var.getTempDescriptor())) {
 881         return t;
 882       }
 883     }
 884     return null;
 885   }
 886
 887   private void printDebug(boolean guard, String debugStatements) {
 888     if(guard)
 889       System.out.println(debugStatements);
 890   }
 891
 892   private void enumerateHeaproots() {
 893     weaklyConnectedHRCounter = 0;
 894     num2WeaklyConnectedHRGroup = new ArrayList<WeaklyConectedHRGroup>();
 895
 896     for(Taint t: connectedHRHash.keySet()) {
 897       if(connectedHRHash.get(t).id == -1) {
 898         WeaklyConectedHRGroup hg = connectedHRHash.get(t);
 899         hg.id = weaklyConnectedHRCounter;
 900         num2WeaklyConnectedHRGroup.add(weaklyConnectedHRCounter, hg);
 901         weaklyConnectedHRCounter++;
 902       }
 903     }
 904   }
 905
 906   private void printoutTable(EffectsTable table) {
 907
 908     System.out.println("==============EFFECTS TABLE PRINTOUT==============");
 909     for(AllocSite as: table.table.keySet()) {
 910       System.out.println("\tFor AllocSite " + as.getUniqueAllocSiteID());
 911
 912       BucketOfEffects boe = table.table.get(as);
 913
 914       if(boe.potentiallyConflictingRoots != null && !boe.potentiallyConflictingRoots.isEmpty()) {
 915         System.out.println("\t\tPotentially conflicting roots: ");
 916         for(String key: boe.potentiallyConflictingRoots.keySet()) {
 917           System.out.println("\t\t-Field: " + key);
 918           System.out.println("\t\t\t" + boe.potentiallyConflictingRoots.get(key));
 919         }
 920       }
 921       for(Taint t: boe.taint2EffectsGroup.keySet()) {
 922         System.out.println("\t\t For Taint " + t);
 923         EffectsGroup eg = boe.taint2EffectsGroup.get(t);
 924
 925         if(eg.hasPrimitiveConflicts()) {
 926           System.out.print("\t\t\tPrimitive Conflicts at alloc " + as.getUniqueAllocSiteID() +" : ");
 927           for(String field: eg.primitiveConflictingFields.keySet()) {
 928             System.out.print(field + " ");
 929           }
 930           System.out.println();
 931         }
 932         for(String fieldKey: eg.myEffects.keySet()) {
 933           CombinedObjEffects ce = eg.myEffects.get(fieldKey);
 934           System.out.println("\n\t\t\tFor allocSite " + as.getUniqueAllocSiteID() + " && field " + fieldKey);
 935           System.out.println("\t\t\t\tread " + ce.hasReadEffect + "/"+ce.hasReadConflict +
 936               " write " + ce.hasWriteEffect + "/" + ce.hasWriteConflict +
 937               " SU " + ce.hasStrongUpdateEffect + "/" + ce.hasStrongUpdateConflict);
 938           for(Effect ef: ce.originalEffects) {
 939             System.out.println("\t" + ef);
 940           }
 941         }
 942       }
 943
 944     }
 945
 946   }
 947
 948   private class EffectsGroup {
 949     Hashtable<String, CombinedObjEffects> myEffects;
 950     Hashtable<String, CombinedObjEffects> primitiveConflictingFields;
 951
 952     public EffectsGroup() {
 953       myEffects = new Hashtable<String, CombinedObjEffects>();
 954       primitiveConflictingFields = new Hashtable<String, CombinedObjEffects>();
 955     }
 956
 957     public void addPrimitive(Effect e, boolean conflict) {
 958       CombinedObjEffects effects;
 959       if((effects = primitiveConflictingFields.get(e.getField().getSymbol())) == null) {
 960         effects = new CombinedObjEffects();
 961         primitiveConflictingFields.put(e.getField().getSymbol(), effects);
 962       }
 963       effects.add(e, conflict);
 964     }
 965
 966     public void addObjEffect(Effect e, boolean conflict) {
 967       CombinedObjEffects effects;
 968       if((effects = myEffects.get(e.getField().getSymbol())) == null) {
 969         effects = new CombinedObjEffects();
 970         myEffects.put(e.getField().getSymbol(), effects);
 971       }
 972       effects.add(e, conflict);
 973     }
 974
 975     public boolean isEmpty() {
 976       return myEffects.isEmpty() && primitiveConflictingFields.isEmpty();
 977     }
 978
 979     public boolean hasPrimitiveConflicts(){
 980       return !primitiveConflictingFields.isEmpty();
 981     }
 982
 983     public CombinedObjEffects getPrimEffect(String field) {
 984       return primitiveConflictingFields.get(field);
 985     }
 986
 987     public boolean hasObjectEffects() {
 988       return !myEffects.isEmpty();
 989     }
 990
 991     public CombinedObjEffects getObjEffect(String field) {
 992       return myEffects.get(field);
 993     }
 994   }
 995
 996   //Is the combined effects for all effects with the same affectedAllocSite and field
 997   private class CombinedObjEffects {
 998     ArrayList<Effect> originalEffects;
 999
1000     public boolean hasReadEffect;
1001     public boolean hasWriteEffect;
1002     public boolean hasStrongUpdateEffect;
1003
1004     public boolean hasReadConflict;
1005     public boolean hasWriteConflict;
1006     public boolean hasStrongUpdateConflict;
1007
1008
1009     public CombinedObjEffects() {
1010       originalEffects = new ArrayList<Effect>();
1011
1012       hasReadEffect = false;
1013       hasWriteEffect = false;
1014       hasStrongUpdateEffect = false;
1015
1016       hasReadConflict = false;
1017       hasWriteConflict = false;
1018       hasStrongUpdateConflict = false;
1019     }
1020
1021     public boolean add(Effect e, boolean conflict) {
1022       if(!originalEffects.add(e))
1023         return false;
1024
1025       switch(e.getType()) {
1026       case Effect.read:
1027         hasReadEffect = true;
1028         hasReadConflict = conflict;
1029         break;
1030       case Effect.write:
1031         hasWriteEffect = true;
1032         hasWriteConflict = conflict;
1033         break;
1034       case Effect.strongupdate:
1035         hasStrongUpdateEffect = true;
1036         hasStrongUpdateConflict = conflict;
1037         break;
1038       default:
1039         System.out.println("RCR ERROR: An Effect Type never seen before has been encountered");
1040         assert false;
1041         break;
1042       }
1043       return true;
1044     }
1045
1046     public boolean hasConflict() {
1047       return hasReadConflict || hasWriteConflict || hasStrongUpdateConflict;
1048     }
1049
1050     public void mergeWith(CombinedObjEffects other) {
1051       for(Effect e: other.originalEffects) {
1052         if(!originalEffects.contains(e)){
1053           originalEffects.add(e);
1054         }
1055       }
1056
1057       hasReadEffect |= other.hasReadEffect;
1058       hasWriteEffect |= other.hasWriteEffect;
1059       hasStrongUpdateEffect |= other.hasStrongUpdateEffect;
1060
1061       hasReadConflict |= other.hasReadConflict;
1062       hasWriteConflict |= other.hasWriteConflict;
1063       hasStrongUpdateConflict |= other.hasStrongUpdateConflict;
1064     }
1065   }
1066
1067   //This will keep track of a reference
1068   private class ObjRef {
1069     String field;
1070     int allocSite;
1071     CombinedObjEffects myEffects;
1072
1073     //This keeps track of the parent that we need to pass by inorder to get
1074     //to the conflicting child (if there is one).
1075     ConcreteRuntimeObjNode child;
1076
1077     public ObjRef(String fieldname,
1078                   ConcreteRuntimeObjNode ref,
1079                   CombinedObjEffects myEffects) {
1080       field = fieldname;
1081       allocSite = ref.getAllocationSite();
1082       child = ref;
1083
1084       this.myEffects = myEffects;
1085     }
1086
1087     public boolean hasConflictsDownThisPath() {
1088       return child.decendantsObjConflict || child.decendantsPrimConflict || child.hasPrimitiveConflicts() || myEffects.hasConflict();
1089     }
1090
1091     public boolean hasDirectObjConflict() {
1092       return myEffects.hasConflict();
1093     }
1094
1095     public boolean equals(Object other) {
1096       if(other == null || !(other instanceof ObjRef))
1097         return false;
1098
1099       ObjRef o = (ObjRef) other;
1100
1101       if(o.field == this.field && o.allocSite == this.allocSite && this.child.equals(o.child))
1102         return true;
1103
1104       return false;
1105     }
1106
1107     public int hashCode() {
1108       return child.allocSite.hashCode() ^ field.hashCode();
1109     }
1110
1111     public void mergeWith(ObjRef ref) {
1112       myEffects.mergeWith(ref.myEffects);
1113     }
1114   }
1115
1116   private class ConcreteRuntimeObjNode {
1117     Hashtable<String, ArrayList<ObjRef>> objectRefs;
1118     Hashtable<String, CombinedObjEffects> primitiveConflictingFields;
1119     HashSet<ConcreteRuntimeObjNode> parentsWithReadToNode;
1120     HashSet<ConcreteRuntimeObjNode> parentsThatWillLeadToConflicts;
1121     //this set keeps track of references down the line that need to be enqueued if traverser is "paused"
1122     HashSet<ConcreteRuntimeObjNode> enqueueToWaitingQueueUponConflict;
1123     boolean decendantsPrimConflict;
1124     boolean decendantsObjConflict;
1125     boolean hasPotentialToBeIncorrectDueToConflict;
1126     boolean isInsetVar;
1127     boolean isArrayElement;
1128     AllocSite allocSite;
1129     HeapRegionNode original;
1130
1131     public ConcreteRuntimeObjNode(HeapRegionNode me, boolean isInVar, boolean isArrayElement) {
1132       objectRefs = new Hashtable<String, ArrayList<ObjRef>>(5);
1133       primitiveConflictingFields = null;
1134       parentsThatWillLeadToConflicts = new HashSet<ConcreteRuntimeObjNode>();
1135       parentsWithReadToNode = new HashSet<ConcreteRuntimeObjNode>();
1136       enqueueToWaitingQueueUponConflict = new HashSet<ConcreteRuntimeObjNode>();
1137       allocSite = me.getAllocSite();
1138       original = me;
1139       isInsetVar = isInVar;
1140       decendantsPrimConflict = false;
1141       decendantsObjConflict = false;
1142       hasPotentialToBeIncorrectDueToConflict = false;
1143       this.isArrayElement = isArrayElement;
1144     }
1145
1146     public void addReachableParent(ConcreteRuntimeObjNode curr) {
1147       parentsWithReadToNode.add(curr);
1148     }
1149
1150     @Override
1151     public boolean equals(Object other) {
1152       if(other == null || !(other instanceof ConcreteRuntimeObjNode))
1153         return false;
1154
1155       return original.equals(((ConcreteRuntimeObjNode)other).original);
1156     }
1157
1158     public int getAllocationSite() {
1159       return allocSite.getUniqueAllocSiteID();
1160     }
1161
1162     public int getNumOfReachableParents() {
1163       return parentsThatWillLeadToConflicts.size();
1164     }
1165
1166     public boolean hasPrimitiveConflicts() {
1167       return primitiveConflictingFields != null && !primitiveConflictingFields.isEmpty();
1168     }
1169
1170     public boolean decendantsConflict() {
1171       return decendantsPrimConflict || decendantsObjConflict;
1172     }
1173
1174
1175     //returns true if at least one of the objects in points of access has been added
1176     public boolean addPossibleWaitingQueueEnqueue(HashSet<ConcreteRuntimeObjNode> pointsOfAccess) {
1177       boolean addedNew = false;
1178       for(ConcreteRuntimeObjNode dec: pointsOfAccess) {
1179         if(dec != null && dec != this){
1180           addedNew = addedNew || enqueueToWaitingQueueUponConflict.add(dec);
1181         }
1182       }
1183
1184       return addedNew;
1185     }
1186
1187     public boolean addPossibleWaitingQueueEnqueue(ConcreteRuntimeObjNode pointOfAccess) {
1188       if(pointOfAccess != null && pointOfAccess != this){
1189         return enqueueToWaitingQueueUponConflict.add(pointOfAccess);
1190       }
1191
1192       return false;
1193     }
1194
1195     public void addObjChild(String field, ConcreteRuntimeObjNode child, CombinedObjEffects ce) {
1196       printDebug(javaDebug,this.allocSite.getUniqueAllocSiteID() + " added child at " + child.getAllocationSite());
1197       ObjRef ref = new ObjRef(field, child, ce);
1198
1199       if(objectRefs.containsKey(field)){
1200         ArrayList<ObjRef> array = objectRefs.get(field);
1201
1202         if(array.contains(ref)) {
1203           ObjRef other = array.get(array.indexOf(ref));
1204           other.mergeWith(ref);
1205           printDebug(javaDebug,"    Merged with old");
1206           printDebug(javaDebug,"    Old="+ other.child.original + "\n    new="+ref.child.original);
1207         }
1208         else {
1209           array.add(ref);
1210           printDebug(javaDebug,"    Just added new;\n      Field: " + field);
1211           printDebug(javaDebug,"      AllocSite: " + child.getAllocationSite());
1212           printDebug(javaDebug,"      Child: "+child.original);
1213         }
1214       }
1215       else {
1216         ArrayList<ObjRef> array = new ArrayList<ObjRef>(3);
1217
1218         array.add(ref);
1219         objectRefs.put(field, array);
1220       }
1221     }
1222
1223     public boolean isObjectArray() {
1224       return original.getType().isArray() && !original.getType().isPrimitive() && !original.getType().isImmutable();
1225     }
1226
1227     public boolean canBeArrayElement() {
1228       return isArrayElement;
1229     }
1230
1231     public ArrayList<Integer> getReferencedAllocSites() {
1232       ArrayList<Integer> list = new ArrayList<Integer>();
1233
1234       for(String key: objectRefs.keySet()) {
1235         for(ObjRef r: objectRefs.get(key)) {
1236           if(r.hasDirectObjConflict() || (r.child.parentsWithReadToNode.contains(this) && r.hasConflictsDownThisPath())) {
1237             list.add(r.allocSite);
1238           }
1239         }
1240       }
1241
1242       return list;
1243     }
1244
1245     public String toString() {
1246       return "AllocSite=" + getAllocationSite() + " myConflict=" + !parentsThatWillLeadToConflicts.isEmpty() +
1247               " decCon="+decendantsObjConflict+
1248               " NumOfConParents=" + getNumOfReachableParents() + " ObjectChildren=" + objectRefs.size();
1249     }
1250   }
1251
1252   private class EffectsTable {
1253     private Hashtable<AllocSite, BucketOfEffects> table;
1254
1255     public EffectsTable(Hashtable<Taint, Set<Effect>> effects,
1256         Hashtable<Taint, Set<Effect>> conflicts) {
1257       table = new Hashtable<AllocSite, BucketOfEffects>();
1258
1259       // rehash all effects (as a 5-tuple) by their affected allocation site
1260       for (Taint t : effects.keySet()) {
1261         Set<Effect> localConflicts = conflicts.get(t);
1262         for (Effect e : effects.get(t)) {
1263           BucketOfEffects bucket;
1264           if ((bucket = table.get(e.getAffectedAllocSite())) == null) {
1265             bucket = new BucketOfEffects();
1266             table.put(e.getAffectedAllocSite(), bucket);
1267           }
1268           printDebug(javaDebug, "Added Taint" + t + " Effect " + e + "Conflict Status = " + (localConflicts!=null?localConflicts.contains(e):false)+" localConflicts = "+localConflicts);
1269           bucket.add(t, e, localConflicts!=null?localConflicts.contains(e):false);
1270         }
1271       }
1272     }
1273
1274     public EffectsGroup getEffects(AllocSite parentKey, Taint taint) {
1275       //This would get the proper bucket of effects and then get all the effects
1276       //for a parent for a specific taint
1277       try {
1278         return table.get(parentKey).taint2EffectsGroup.get(taint);
1279       }
1280       catch (NullPointerException e) {
1281         return null;
1282       }
1283     }
1284
1285     // Run Analysis will walk the data structure and figure out the weakly
1286     // connected heap roots.
1287     public void runAnalysis() {
1288       if(javaDebug) {
1289         printoutTable(this);
1290       }
1291
1292       for(AllocSite key: table.keySet()) {
1293         BucketOfEffects effects = table.get(key);
1294         //make sure there are actually conflicts in the bucket
1295         if(effects.potentiallyConflictingRoots != null && !effects.potentiallyConflictingRoots.isEmpty()){
1296           for(String field: effects.potentiallyConflictingRoots.keySet()){
1297             ArrayList<Taint> taints = effects.potentiallyConflictingRoots.get(field);
1298             //For simplicity, we just create a new group and add everything to it instead of
1299             //searching through all of them for the largest group and adding everyone in.
1300             WeaklyConectedHRGroup group = new WeaklyConectedHRGroup();
1301             group.add(taints); //This will automatically add the taint to the connectedHRhash
1302           }
1303         }
1304       }
1305     }
1306   }
1307
1308   private class WeaklyConectedHRGroup {
1309     HashSet<Taint> connectedHRs;
1310     //This is to keep track of unique waitingQueue positions for each allocsite.
1311     Hashtable<AllocSite, Integer> allocSiteToWaitingQueueMap;
1312     int waitingQueueCounter;
1313     int id;
1314
1315     public WeaklyConectedHRGroup() {
1316       connectedHRs = new HashSet<Taint>();
1317       id = -1; //this will be later modified
1318       waitingQueueCounter = 0;
1319       allocSiteToWaitingQueueMap = new Hashtable<AllocSite, Integer>();
1320     }
1321
1322     public void add(ArrayList<Taint> list) {
1323       for(Taint t: list) {
1324         this.add(t);
1325       }
1326     }
1327
1328     public int getWaitingQueueBucketNum(ConcreteRuntimeObjNode node) {
1329       if(allocSiteToWaitingQueueMap.containsKey(node.allocSite)) {
1330         return allocSiteToWaitingQueueMap.get(node.allocSite);
1331       } else {
1332         allocSiteToWaitingQueueMap.put(node.allocSite, waitingQueueCounter);
1333         return waitingQueueCounter++;
1334       }
1335     }
1336
1337     public void add(Taint t) {
1338       connectedHRs.add(t);
1339       WeaklyConectedHRGroup oldGroup = connectedHRHash.get(t);
1340       connectedHRHash.put(t, this); //put new group into hash
1341       //If the taint was already in another group, move all its buddies over.
1342       if(oldGroup != this && oldGroup != null) {
1343         Iterator<Taint> it = oldGroup.connectedHRs.iterator();
1344         Taint relatedTaint;
1345
1346         while((relatedTaint = it.next()) != null && !connectedHRs.contains(relatedTaint)) {
1347           this.add(relatedTaint);
1348         }
1349       }
1350     }
1351   }
1352
1353   //This is a class that stores all the effects for an affected allocation site
1354   //across ALL taints. The structure is a hashtable of EffectGroups (see above) hashed
1355   //by a Taint. This way, I can keep EffectsGroups so I can reuse most to all of my old code
1356   //and allows for easier tracking of effects. In addition, a hashtable (keyed by the string
1357   //of the field access) keeps track of an ArrayList of taints of SESEblocks that conflict on that
1358   //field.
1359   private class BucketOfEffects {
1360     // This table is used for lookup while creating the traversal.
1361     Hashtable<Taint, EffectsGroup> taint2EffectsGroup;
1362
1363     //This table is used to help identify weakly connected groups: Contains ONLY
1364     //conflicting effects AND is only initialized when needed
1365     //String stores the field
1366     Hashtable<String, ArrayList<Taint>> potentiallyConflictingRoots;
1367
1368     public BucketOfEffects() {
1369       taint2EffectsGroup = new Hashtable<Taint, EffectsGroup>();
1370     }
1371
1372     public void add(Taint t, Effect e, boolean conflict) {
1373       EffectsGroup effectsForGivenTaint;
1374
1375       if ((effectsForGivenTaint = taint2EffectsGroup.get(t)) == null) {
1376         effectsForGivenTaint = new EffectsGroup();
1377         taint2EffectsGroup.put(t, effectsForGivenTaint);
1378       }
1379
1380       if (e.getField().getType().isPrimitive()) {
1381         if (conflict) {
1382           effectsForGivenTaint.addPrimitive(e, true);
1383         }
1384       } else {
1385         effectsForGivenTaint.addObjEffect(e, conflict);
1386       }
1387
1388       if(conflict) {
1389         if(potentiallyConflictingRoots == null) {
1390           potentiallyConflictingRoots = new Hashtable<String, ArrayList<Taint>>();
1391         }
1392
1393         ArrayList<Taint> taintsForField = potentiallyConflictingRoots.get(e.getField().getSafeSymbol());
1394         if(taintsForField == null) {
1395           taintsForField = new ArrayList<Taint>();
1396           potentiallyConflictingRoots.put(e.getField().getSafeSymbol(), taintsForField);
1397         }
1398
1399         if(!taintsForField.contains(t)) {
1400           taintsForField.add(t);
1401         }
1402       }
1403     }
1404   }
1405
1406   private class TaintAndInternalHeapStructure {
1407     public Taint t;
1408     public Hashtable<Integer, ConcreteRuntimeObjNode> nodesInHeap;
1409
1410     public TaintAndInternalHeapStructure(Taint taint, Hashtable<Integer, ConcreteRuntimeObjNode> nodesInHeap) {
1411       t = taint;
1412       this.nodesInHeap = nodesInHeap;
1413     }
1414   }
1415
1416   private class TraversalInfo {
1417     public FlatNode f;
1418     public ReachGraph rg;
1419     public TempDescriptor invar;
1420
1421     public TraversalInfo(FlatNode fn, ReachGraph g) {
1422       f = fn;
1423       rg =g;
1424       invar = null;
1425     }
1426
1427     public TraversalInfo(FlatNode fn, ReachGraph rg2, TempDescriptor tempDesc) {
1428       f = fn;
1429       rg =rg2;
1430       invar = tempDesc;
1431     }
1432   }
1433 }