changes.
[IRC.git] / Robust / src / Analysis / SSJava / HierarchyGraph.java
index 52eb8742a150357e3a6f5d39b740ab8bf2739ebf..d51e6107d41705113b6d3f0bc682f153e30c8e12 100644 (file)
@@ -11,25 +11,34 @@ import java.util.Set;
 
 import IR.Descriptor;
 import IR.FieldDescriptor;
+import IR.VarDescriptor;
 
 public class HierarchyGraph {
 
   Descriptor desc;
 
   String name;
-  Map<Descriptor, HNode> mapDescToHNode;
-  Map<HNode, Set<Descriptor>> mapHNodeToDescSet;
+
+  // graph structure
   Map<HNode, Set<HNode>> mapHNodeToIncomingSet;
   Map<HNode, Set<HNode>> mapHNodeToOutgoingSet;
+
+  Map<Descriptor, HNode> mapDescToHNode;
+  Map<HNode, Set<Descriptor>> mapHNodeToDescSet;
+  Map<HNode, HNode> mapHNodeToCurrentHNode; // tracking which node corresponds to the initial node
+  Map<String, HNode> mapHNodeNameToCurrentHNode; // tracking which node corresponds to the initial
+                                                 // node
+  Map<HNode, Set<HNode>> mapMergeNodetoMergingSet;
+
+  // data structures for a combination node
   Map<Set<HNode>, HNode> mapSkeletonNodeSetToCombinationNode;
   Map<HNode, Set<HNode>> mapCombinationNodeToCombineNodeSet;
   Map<Set<HNode>, HNode> mapCombineNodeSetToCombinationNode;
   Map<Set<HNode>, Set<HNode>> mapCombineNodeSetToOutgoingNodeSet;
-  Map<HNode, String> mapHNodeToLocationName;
 
-  Set<HNode> nodeSet;
+  Map<HNode, Set<HNode>> mapNormalNodeToSCNodeReachToSet;
 
-  public static int seed = 0;
+  Set<HNode> nodeSet;
 
   // for the lattice generation
   Map<HNode, Integer> mapHNodeToUniqueIndex;
@@ -50,8 +59,13 @@ public class HierarchyGraph {
     mapHNodeToUniqueIndex = new HashMap<HNode, Integer>();
     mapHNodeToBasis = new HashMap<HNode, Set<Integer>>();
 
-    mapHNodeToLocationName = new HashMap<HNode, String>();
+    mapMergeNodetoMergingSet = new HashMap<HNode, Set<HNode>>();
+
+    mapHNodeToCurrentHNode = new HashMap<HNode, HNode>();
 
+    mapHNodeNameToCurrentHNode = new HashMap<String, HNode>();
+
+    mapNormalNodeToSCNodeReachToSet = new HashMap<HNode, Set<HNode>>();
   }
 
   public Descriptor getDesc() {
@@ -62,14 +76,6 @@ public class HierarchyGraph {
     this.desc = desc;
   }
 
-  public void addMapHNodeToLocationName(HNode node, String locName) {
-    mapHNodeToLocationName.put(node, locName);
-  }
-
-  public String getLocationName(HNode node) {
-    return mapHNodeToLocationName.get(node);
-  }
-
   public String getName() {
     return name;
   }
@@ -92,6 +98,22 @@ public class HierarchyGraph {
     mapHNodeToDescSet.putAll(map);
   }
 
+  public Map<HNode, HNode> getMapHNodeToCurrentHNode() {
+    return mapHNodeToCurrentHNode;
+  }
+
+  public Map<String, HNode> getMapHNodeNameToCurrentHNode() {
+    return mapHNodeNameToCurrentHNode;
+  }
+
+  public void setMapHNodeToCurrentHNode(Map<HNode, HNode> mapHNodeToCurrentHNode) {
+    this.mapHNodeToCurrentHNode = mapHNodeToCurrentHNode;
+  }
+
+  public void setMapHNodeNameToCurrentHNode(Map<String, HNode> mapHNodeNameToCurrentHNode) {
+    this.mapHNodeNameToCurrentHNode = mapHNodeNameToCurrentHNode;
+  }
+
   public Map<Descriptor, HNode> getMapDescToHNode() {
     return mapDescToHNode;
   }
@@ -119,20 +141,25 @@ public class HierarchyGraph {
     if (possibleCycleSet.size() > 0) {
 
       if (possibleCycleSet.size() == 1) {
+        System.out.println("possibleCycleSet=" + possibleCycleSet + "  from src=" + srcHNode
+            + " dstHNode=" + dstHNode);
         if (dstHNode.isSharedNode()) {
           // it has already been assigned shared node.
-          return;
+        } else {
+          dstHNode.setSharedNode(true);
+          System.out.println("$$$setShared=" + dstHNode);
         }
+        return;
       }
 
+      System.out.println("--- CYCLIC VALUE FLOW: " + srcHNode + " -> " + dstHNode);
       HNode newMergeNode = mergeNodes(possibleCycleSet, false);
       newMergeNode.setSharedNode(true);
-      System.out.println("### INTRODUCE A NEW MERGE NODE: " + newMergeNode);
-      System.out.println("### CYCLIC VALUE FLOW: " + srcHNode + " -> " + dstHNode);
+
     } else {
       getIncomingNodeSet(dstHNode).add(srcHNode);
       getOutgoingNodeSet(srcHNode).add(dstHNode);
-      System.out.println("add an edge " + srcHNode + " -> " + dstHNode);
+      // System.out.println("add an edge " + srcHNode + " -> " + dstHNode);
     }
 
   }
@@ -142,10 +169,16 @@ public class HierarchyGraph {
   }
 
   public void addEdge(Descriptor src, Descriptor dst) {
-    HNode srcHNode = getHNode(src);
-    HNode dstHNode = getHNode(dst);
 
-    addEdge(srcHNode, dstHNode);
+    if (src.equals(LocationInference.LITERALDESC)) {
+      // in this case, we do not need to add a source hnode
+      // just add a destination hnode
+      getHNode(dst);
+    } else {
+      HNode srcHNode = getHNode(src);
+      HNode dstHNode = getHNode(dst);
+      addEdge(srcHNode, dstHNode);
+    }
 
   }
 
@@ -156,15 +189,36 @@ public class HierarchyGraph {
   public HNode getHNode(Descriptor d) {
     if (!mapDescToHNode.containsKey(d)) {
       HNode newNode = new HNode(d);
+
       if (d instanceof FieldDescriptor) {
         newNode.setSkeleton(true);
       }
+
+      if (d.equals(LocationInference.TOPDESC)) {
+        newNode.setSkeleton(true);
+      }
+
+      String symbol = d.getSymbol();
+      if (symbol.startsWith(LocationInference.PCLOC) || symbol.startsWith(LocationInference.RLOC)) {
+        newNode.setSkeleton(true);
+      }
+
       mappingDescriptorToHNode(d, newNode);
       nodeSet.add(newNode);
     }
     return mapDescToHNode.get(d);
   }
 
+  public HNode getHNode(String name) {
+    for (Iterator iterator = nodeSet.iterator(); iterator.hasNext();) {
+      HNode node = (HNode) iterator.next();
+      if (node.getName().equals(name)) {
+        return node;
+      }
+    }
+    return null;
+  }
+
   private void mappingDescriptorToHNode(Descriptor desc, HNode node) {
     mapDescToHNode.put(desc, node);
     if (!mapHNodeToDescSet.containsKey(node)) {
@@ -196,6 +250,8 @@ public class HierarchyGraph {
 
     skeletonGraph.setMapDescToHNode(getMapDescToHNode());
     skeletonGraph.setMapHNodeToDescSet(getMapHNodeToDescSet());
+    skeletonGraph.setMapHNodetoMergeSet(getMapHNodetoMergeSet());
+    skeletonGraph.setMapHNodeToCurrentHNode(getMapHNodeToCurrentHNode());
 
     return skeletonGraph;
 
@@ -259,7 +315,7 @@ public class HierarchyGraph {
     } while (isUpdated);
   }
 
-  private Set<HNode> getIncomingNodeSet(HNode node) {
+  public Set<HNode> getIncomingNodeSet(HNode node) {
     if (!mapHNodeToIncomingSet.containsKey(node)) {
       mapHNodeToIncomingSet.put(node, new HashSet<HNode>());
     }
@@ -293,6 +349,10 @@ public class HierarchyGraph {
           continue;
         }
 
+        if (!isEligibleForMerging(node1, node2)) {
+          continue;
+        }
+
         if (!node1.equals(node2)) {
 
           Set<HNode> incomingNodeSet2 = getIncomingNodeSet(node2);
@@ -316,10 +376,32 @@ public class HierarchyGraph {
     return false;
   }
 
+  private boolean isEligibleForMerging(HNode node1, HNode node2) {
+
+    if (node1.isSharedNode() || node2.isSharedNode()) {
+
+      // if either of nodes is a shared node,
+      // all descriptors of node1 & node2 should have a primitive type
+
+      Set<Descriptor> descSet = new HashSet<Descriptor>();
+      descSet.addAll(getDescSetOfNode(node1));
+      descSet.addAll(getDescSetOfNode(node2));
+
+      for (Iterator iterator = descSet.iterator(); iterator.hasNext();) {
+        Descriptor desc = (Descriptor) iterator.next();
+        if (!LocationInference.isPrimitive(desc)) {
+          return false;
+        }
+      }
+      return true;
+    }
+    return false;
+  }
+
   private void addEdgeWithNoCycleCheck(HNode srcHNode, HNode dstHNode) {
     getIncomingNodeSet(dstHNode).add(srcHNode);
     getOutgoingNodeSet(srcHNode).add(dstHNode);
-    System.out.println("addEdgeWithNoCycleCheck src=" + srcHNode + " -> " + dstHNode);
+    // System.out.println("addEdgeWithNoCycleCheck src=" + srcHNode + " -> " + dstHNode);
   }
 
   private HNode mergeNodes(Set<HNode> set, boolean onlyCombinationNodes) {
@@ -334,28 +416,37 @@ public class HierarchyGraph {
     }
 
     String nodeName;
+    boolean isMergeNode = false;
     if (onlyCombinationNodes) {
-      nodeName = "Comb" + (seed++);
+      nodeName = "Comb" + (LocationInference.locSeed++);
     } else {
-      nodeName = "Node" + (seed++);
+      nodeName = "Node" + (LocationInference.locSeed++);
+      isMergeNode = true;
     }
     HNode newMergeNode = new HNode(nodeName);
+    newMergeNode.setMergeNode(isMergeNode);
 
     nodeSet.add(newMergeNode);
     nodeSet.removeAll(set);
 
     // if the input set contains a skeleton node, need to set a new merge node as skeleton also
     boolean hasSkeleton = false;
+    boolean hasShared = false;
     for (Iterator iterator = set.iterator(); iterator.hasNext();) {
       HNode inNode = (HNode) iterator.next();
       if (inNode.isSkeleton()) {
         hasSkeleton = true;
-        break;
+      }
+      if (inNode.isSharedNode()) {
+        hasShared = true;
       }
     }
-    System.out.println("--Set merging node=" + newMergeNode + " as a skeleton=" + set
-        + " hasSkeleton=" + hasSkeleton);
+    // System.out.println("-----Set merging node=" + newMergeNode + " as a skeleton=" + set
+    // + " hasSkeleton=" + hasSkeleton + " CUR DESC=" + desc);
     newMergeNode.setSkeleton(hasSkeleton);
+    newMergeNode.setSharedNode(hasShared);
+
+    System.out.println("-----MERGING NODE=" + set + " new node=" + newMergeNode);
 
     for (Iterator iterator = set.iterator(); iterator.hasNext();) {
       HNode node = (HNode) iterator.next();
@@ -384,11 +475,76 @@ public class HierarchyGraph {
       }
     }
 
-    System.out.println("###MERGING NODE=" + set + " new node=" + newMergeNode);
+    Set<HNode> mergedSkeletonNode = new HashSet<HNode>();
+    for (Iterator<HNode> iter = set.iterator(); iter.hasNext();) {
+      HNode merged = iter.next();
+      if (merged.isSkeleton()) {
+        mergedSkeletonNode.add(merged);
+      }
+    }
+
+    // mapMergeNodetoMergingSet.put(newMergeNode, mergedSkeletonNode);
+    // for (Iterator iterator = set.iterator(); iterator.hasNext();) {
+    mapMergeNodetoMergingSet.put(newMergeNode, set);
+    for (Iterator iterator = set.iterator(); iterator.hasNext();) {
+      HNode mergedNode = (HNode) iterator.next();
+      addMapHNodeToCurrentHNode(mergedNode, newMergeNode);
+    }
+
+    for (Iterator iterator = set.iterator(); iterator.hasNext();) {
+      HNode hNode = (HNode) iterator.next();
+      System.out.println("old=" + hNode + "----->newNode=" + getCurrentHNode(hNode));
+    }
+
+    System.out.println();
+
     return newMergeNode;
   }
 
-  private Set<Descriptor> getDescSetOfNode(HNode node) {
+  private void addMapHNodeToCurrentHNode(HNode curNode, HNode newNode) {
+    if (curNode.isMergeNode()) {
+      Set<HNode> mergingSet = getMergingSet(curNode);
+      mergingSet.add(curNode);
+      System.out.println("-------addMapHNodeToCurrentHNode curNode=" + curNode + " meringSet="
+          + mergingSet + " newNode=" + newNode);
+      for (Iterator iterator = mergingSet.iterator(); iterator.hasNext();) {
+        HNode mergingNode = (HNode) iterator.next();
+        mapHNodeToCurrentHNode.put(mergingNode, newNode);
+        mapHNodeNameToCurrentHNode.put(mergingNode.getName(), newNode);
+      }
+    } else {
+      mapHNodeToCurrentHNode.put(curNode, newNode);
+      mapHNodeNameToCurrentHNode.put(curNode.getName(), newNode);
+    }
+  }
+
+  public HNode getCurrentHNode(HNode node) {
+    if (!mapHNodeToCurrentHNode.containsKey(node)) {
+      mapHNodeToCurrentHNode.put(node, node);
+    }
+    return mapHNodeToCurrentHNode.get(node);
+  }
+
+  public HNode getCurrentHNode(String nodeName) {
+    return mapHNodeNameToCurrentHNode.get(nodeName);
+  }
+
+  private Set<HNode> getMergingSet(HNode mergeNode) {
+    Set<HNode> mergingSet = new HashSet<HNode>();
+    Set<HNode> mergedNode = mapMergeNodetoMergingSet.get(mergeNode);
+    for (Iterator iterator = mergedNode.iterator(); iterator.hasNext();) {
+      HNode node = (HNode) iterator.next();
+      if (node.isMergeNode()) {
+        mergingSet.add(node);
+        mergingSet.addAll(getMergingSet(node));
+      } else {
+        mergingSet.add(node);
+      }
+    }
+    return mergingSet;
+  }
+
+  public Set<Descriptor> getDescSetOfNode(HNode node) {
     if (!mapHNodeToDescSet.containsKey(node)) {
       mapHNodeToDescSet.put(node, new HashSet<Descriptor>());
     }
@@ -428,6 +584,68 @@ public class HierarchyGraph {
 
   }
 
+  public Set<HNode> getReachableSCNodeSet(HNode startNode) {
+    // returns the set of hnodes which is reachable from the startNode and is either SC node or a
+    // node which is directly connected to the SC nodes
+    Set<HNode> reachable = new HashSet<HNode>();
+    Set<HNode> visited = new HashSet<HNode>();
+    visited.add(startNode);
+    recurReachableNodeSet(startNode, visited, reachable);
+    return reachable;
+  }
+
+  public Set<HNode> getSCNodeReachToSet(HNode node) {
+    if (!mapNormalNodeToSCNodeReachToSet.containsKey(node)) {
+      mapNormalNodeToSCNodeReachToSet.put(node, new HashSet<HNode>());
+    }
+    return mapNormalNodeToSCNodeReachToSet.get(node);
+  }
+
+  private void recurReachableNodeSet(HNode node, Set<HNode> visited, Set<HNode> reachable) {
+
+    Set<HNode> outSet = getOutgoingNodeSet(node);
+    for (Iterator iterator = outSet.iterator(); iterator.hasNext();) {
+      HNode out = (HNode) iterator.next();
+
+      if (!visited.contains(out)) {
+        visited.add(out);
+        Set<HNode> reachableFromSCNodeSet = reachableFromSCNode(out);
+        mapNormalNodeToSCNodeReachToSet.put(out, reachableFromSCNodeSet);
+        if (out.isSkeleton() || out.isCombinationNode() || reachableFromSCNodeSet.size() > 0) {
+          reachable.add(out);
+        } else {
+          visited.add(out);
+          recurReachableNodeSet(out, visited, reachable);
+        }
+
+      }
+
+    }
+
+  }
+
+  private Set<HNode> reachableFromSCNode(HNode node) {
+    Set<HNode> visited = new HashSet<HNode>();
+    visited.add(node);
+    Set<HNode> reachable = new HashSet<HNode>();
+    recurReachableFromSCNode(node, reachable, visited);
+    return reachable;
+  }
+
+  private void recurReachableFromSCNode(HNode node, Set<HNode> reachable, Set<HNode> visited) {
+    Set<HNode> inNodeSet = getIncomingNodeSet(node);
+    for (Iterator iterator = inNodeSet.iterator(); iterator.hasNext();) {
+      HNode inNode = (HNode) iterator.next();
+      if (inNode.isSkeleton() || inNode.isCombinationNode()) {
+        visited.add(inNode);
+        reachable.add(inNode);
+      } else if (!visited.contains(inNode)) {
+        visited.add(inNode);
+        recurReachableFromSCNode(inNode, reachable, visited);
+      }
+    }
+  }
+
   public Set<HNode> getDirectlyReachableSkeletonCombinationNodeFrom(HNode node,
       Set<HNode> combinationNodeSet) {
     Set<HNode> reachable = new HashSet<HNode>();
@@ -532,7 +750,7 @@ public class HierarchyGraph {
 
   public HNode getCombinationNode(Set<HNode> combineSet) {
     if (!mapCombineNodeSetToCombinationNode.containsKey(combineSet)) {
-      String name = "COMB" + (seed++);
+      String name = "COMB" + (LocationInference.locSeed++);
       HNode node = new HNode(name);
       node.setCombinationNode(true);
       nodeSet.add(node);
@@ -543,21 +761,25 @@ public class HierarchyGraph {
     return mapCombineNodeSetToCombinationNode.get(combineSet);
   }
 
+  public Map<Set<HNode>, HNode> getMapCombineNodeSetToCombinationNode() {
+    return mapCombineNodeSetToCombinationNode;
+  }
+
   public Set<Set<HNode>> getCombineNodeSet() {
     return mapCombineNodeSetToOutgoingNodeSet.keySet();
   }
 
-  public void insertCombinationNodesToGraph(HierarchyGraph hierarchyGraph) {
+  public void insertCombinationNodesToGraph(HierarchyGraph simpleHierarchyGraph) {
     // add a new combination node where parameter/field flows are actually combined.
 
-    hierarchyGraph.identifyCombinationNodes();
+    simpleHierarchyGraph.identifyCombinationNodes();
 
-    Set<Set<HNode>> keySet = hierarchyGraph.getCombineNodeSet();
+    Set<Set<HNode>> keySet = simpleHierarchyGraph.getCombineNodeSet();
     for (Iterator iterator = keySet.iterator(); iterator.hasNext();) {
       Set<HNode> combineSet = (Set<HNode>) iterator.next();
-      System.out.println("--combineSet=" + combineSet);
+      // System.out.println("--combineSet=" + combineSet);
       HNode combinationNode = getCombinationNode(combineSet);
-      System.out.println("--combinationNode=" + combinationNode);
+      // System.out.println("--combinationNode=" + combinationNode);
       // add an edge from a skeleton node to a combination node
       for (Iterator iterator2 = combineSet.iterator(); iterator2.hasNext();) {
         HNode inSkeletonNode = (HNode) iterator2.next();
@@ -575,15 +797,19 @@ public class HierarchyGraph {
       }
 
       // add an edge from the combination node to outgoing nodes
-      Set<HNode> outSet = hierarchyGraph.getOutgoingNodeSetByCombineSet(combineSet);
+      Set<HNode> outSet = simpleHierarchyGraph.getOutgoingNodeSetByCombineSet(combineSet);
       for (Iterator iterator2 = outSet.iterator(); iterator2.hasNext();) {
         HNode curNode = (HNode) iterator2.next();
         if (curNode.isCombinationNode()) {
-          Set<HNode> combineNode = hierarchyGraph.getCombineSetByCombinationNode(curNode);
+          Set<HNode> combineNode = simpleHierarchyGraph.getCombineSetByCombinationNode(curNode);
           HNode outNode = getCombinationNode(combineNode);
           addEdgeWithNoCycleCheck(combinationNode, outNode);
         } else if (curNode.isSkeleton()) {
-          addEdgeWithNoCycleCheck(combinationNode, curNode);
+          // HNode dstNode2 = getHNode(curNode.getDescriptor());
+          HNode dstNode = getCurrentHNode(curNode);
+          // System.out.println("-----curNode=" + curNode + "------->" + dstNode + "    dstNode2="
+          // + dstNode2);
+          addEdgeWithNoCycleCheck(combinationNode, dstNode);
         }
       }
 
@@ -596,7 +822,7 @@ public class HierarchyGraph {
   private void addCombinationNode(HNode curNode, Set<HNode> reachToSet, Set<HNode> reachableSet) {
     if (!mapSkeletonNodeSetToCombinationNode.containsKey(reachToSet)) {
       // need to create a new combination node
-      String nodeName = "Comb" + (seed++);
+      String nodeName = "Comb" + (LocationInference.locSeed++);
       HNode newCombinationNode = new HNode(nodeName);
       newCombinationNode.setCombinationNode(true);
 
@@ -624,10 +850,10 @@ public class HierarchyGraph {
     Set<HNode> visited = new HashSet<HNode>();
     recurSkeletonReachTo(node, reachToSet, visited);
 
+    // obsolete!
     // if a node reaches to one of elements in the reachToSet, we do not need to keep it
     // because the node is not directly connected to the combination node
-
-    removeRedundantReachToNodes(reachToSet);
+    // removeRedundantReachToNodes(reachToSet);
 
     return reachToSet;
   }
@@ -711,10 +937,21 @@ public class HierarchyGraph {
     clone.setMapHNodeToOutgoingSet(getMapHNodeToOutgoingSet());
     clone.setMapDescToHNode(getMapDescToHNode());
     clone.setMapHNodeToDescSet(getMapHNodeToDescSet());
+    clone.setMapHNodetoMergeSet(getMapHNodetoMergeSet());
+    clone.setMapHNodeToCurrentHNode(getMapHNodeToCurrentHNode());
+    clone.setMapHNodeNameToCurrentHNode(getMapHNodeNameToCurrentHNode());
 
     return clone;
   }
 
+  public Map<HNode, Set<HNode>> getMapHNodetoMergeSet() {
+    return mapMergeNodetoMergingSet;
+  }
+
+  public void setMapHNodetoMergeSet(Map<HNode, Set<HNode>> mapHNodetoMergeSet) {
+    this.mapMergeNodetoMergingSet = mapHNodetoMergeSet;
+  }
+
   public Set<HNode> getOutgoingNodeSetByCombineSet(Set<HNode> combineSet) {
 
     if (!mapCombineNodeSetToOutgoingNodeSet.containsKey(combineSet)) {
@@ -730,8 +967,9 @@ public class HierarchyGraph {
       HNode node = (HNode) iterator.next();
       if (!node.isSkeleton()) {
         Set<HNode> reachToSet = getSkeleteNodeSetReachTo(node);
-        // if (reachToSet.size() > 1) {
-        if (countSkeletonNodes(reachToSet) > 1) {
+        System.out.println("$node=" + node + "   reachToNodeSet=" + reachToSet);
+        if (reachToSet.size() > 1) {
+          // if (countSkeletonNodes(reachToSet) > 1) {
           System.out.println("-node=" + node + "  reachToSet=" + reachToSet);
           System.out.println("-set combinationnode=" + node);
           node.setCombinationNode(true);
@@ -837,6 +1075,7 @@ public class HierarchyGraph {
 
   public void assignUniqueIndexToNode() {
     int idx = 1;
+    // System.out.println("nodeSet=" + nodeSet);
     for (Iterator iterator = nodeSet.iterator(); iterator.hasNext();) {
       HNode node = (HNode) iterator.next();
       mapHNodeToUniqueIndex.put(node, idx);
@@ -849,7 +1088,7 @@ public class HierarchyGraph {
     }
   }
 
-  public BasisSet computeBasisSet() {
+  public BasisSet computeBasisSet(Set<HNode> notGenerateSet) {
 
     // assign a unique index to a node
     assignUniqueIndexToNode();
@@ -858,18 +1097,25 @@ public class HierarchyGraph {
     for (Iterator iterator = nodeSet.iterator(); iterator.hasNext();) {
       HNode node = (HNode) iterator.next();
 
+      if (notGenerateSet.contains(node)) {
+        System.out.println("%%%SKIP =" + node);
+        continue;
+      }
       Set<Integer> basis = new HashSet<Integer>();
       basis.addAll(BASISTOPELEMENT);
 
       Set<HNode> reachableNodeSet = getReachableNodeSetFrom(node);
-      System.out.println("node=" + node + "    reachableNodeSet=" + reachableNodeSet);
-
+      // System.out.println("node=" + node + "    reachableNodeSet=" + reachableNodeSet);
+      // System.out.println("mapHNodeToUniqueIndex.get(node)=" + mapHNodeToUniqueIndex.get(node));
       // if a node is reachable from the current node
       // need to remove the index of the reachable node from the basis
 
       basis.remove(getHNodeIndex(node));
       for (Iterator iterator2 = reachableNodeSet.iterator(); iterator2.hasNext();) {
         HNode reachableNode = (HNode) iterator2.next();
+        // System.out.println("reachableNode=" + reachableNode);
+        // System.out.println("getHNodeIndex(reachableNode))="
+        // + mapHNodeToUniqueIndex.get(reachableNode));
         int idx = getHNodeIndex(reachableNode);
         basis.remove(idx);
       }
@@ -968,10 +1214,64 @@ public class HierarchyGraph {
     }
   }
 
+  public boolean contains(HNode node) {
+    return nodeSet.contains(node);
+  }
+
+  public boolean isDirectlyConnectedTo(HNode src, HNode dst) {
+    return getOutgoingNodeSet(src).contains(dst);
+  }
+
+  private String convertMergeSetToString(Set<HNode> mergeSet) {
+    String str = "";
+    for (Iterator iterator = mergeSet.iterator(); iterator.hasNext();) {
+      HNode merged = (HNode) iterator.next();
+      if (merged.isMergeNode()) {
+        str += " " + convertMergeSetToString(mapMergeNodetoMergingSet.get(merged));
+      } else {
+        str += " " + merged.getName();
+      }
+    }
+    return str;
+  }
+
   private void drawNode(BufferedWriter bw, HNode node) throws IOException {
-    String nodeName = node.toString();
-    nodeName = nodeName.substring(1, nodeName.length() - 1);
+    String nodeName;
+    if (node.isMergeNode()) {
+      nodeName = node.getNamePropertyString();
+      Set<HNode> mergeSet = mapMergeNodetoMergingSet.get(node);
+      nodeName += ":" + convertMergeSetToString(mergeSet);
+    } else {
+      nodeName = node.getNamePropertyString();
+    }
     bw.write(node.getName() + " [label=\"" + nodeName + "\"]" + ";\n");
   }
 
+  public int countHopFromTopLocation(HNode node) {
+
+    Set<HNode> inNodeSet = getIncomingNodeSet(node);
+    int count = 0;
+    if (inNodeSet.size() > 0) {
+      count = recurCountHopFromTopLocation(inNodeSet, 1);
+    }
+
+    return count;
+  }
+
+  private int recurCountHopFromTopLocation(Set<HNode> nodeSet, int curCount) {
+
+    int max = curCount;
+    for (Iterator iterator = nodeSet.iterator(); iterator.hasNext();) {
+      HNode node = (HNode) iterator.next();
+      Set<HNode> inNodeSet = getIncomingNodeSet(node);
+      if (inNodeSet.size() > 0) {
+        int recurCount = recurCountHopFromTopLocation(inNodeSet, curCount + 1);
+        if (max < recurCount) {
+          max = recurCount;
+        }
+      }
+    }
+    return max;
+  }
+
 }