Segfault fix in prefetch queue + additional macros for debugging

fix up a bug in multicore RAW interruption version codes

Working on allocating with reachability, mostly the "aging" of tokens.
Implementation is stable but it is not working correctly.

Added some functionality to reachability classes that is apparently
not very helpful.  They've been tested though, so might as well check
it in, but the methods that are not of obvious use are committed but
commented out.

Fixed propagation, different change sets for the x and y branches before a new edge is added

fix up interruption related bug in RAW version. Use our own interruption setup codes instead of using libints which is out of date.

Fixed a few minor bugs in token propagation, and major bug that every
reachability set should have the empty token tuple set as a member.
Also, propagation does not go back up edges yet.

Token propagation implemented, stable but incorrect.  This is just a capture.

fix a bug in thread simulator

add makefiles for building RAW version binary

More reachability implementation, no token propagation yet.

make multicore version PERT benchmark work on RAW(without interruption)

add multi-core version for PERT benchmark

Added reachability to simple edge cases.

changes not to break the compiler

bug fixes for udp broadcast
flags and code added to collect transaction commit+abort statistics

Added reachability classes, all of which are extensions of Canonical such that
after makeCanonical() two equivalent reachability classes are actually the same
class.  This was the bug that kept the orginial analysis tests from terminating
and now they run fine.

Starting to integrate reachability classes into ownership.

special union of reachability sets works correctly now

More reachability set functionality, but not all there yet

Broadening implementation for reachability in ownership analysis.

Straightened out TokenTuple equality and hash codes so token sets
work properly.

Some initial implementation of reachability for ownership analysis.

some slight testing changes

changes to buildscript

Udp invalidation of objects

changes for prefetch objects on a transaction abort and updating the prefetch cache
when transactions commit

forgot to upload a new file for Scheduling Simulator

Add multi-parameter tasks support in Scheduling Simulator

Add support for multi-parameter tasks as well as tag in multi-core version

Remove unnecessary files
Remove print statements from benchmarks
Modify java version for Moldyn benchmark
make changes to most makefiles to be compliant with our run.sh script
add a new script(ang.sh) to calculate averages in the runlog directory

check in latest versions

hacked version

check in old versions also

Update benchmark to allocate nodes into global array along the same partition that the workload is split to aid prefetching.

HACK to make things work

modified run script and txt file that is input for the script

small changes + removed comments

bug fix

bug fix

avoid double unlock case

fix annoying race condition on startup

modifications to run same benchmarks with different arguments (treated as a separate benchmark
    from the bm.txt file )

bug fix

small bugs

alternate fix for fd's....
issue is that ==0 indicates socket is closed...but we need to close our end, not return...

checked in final version of Matrix Multiply

new changes

fix for too many socket errors and race condition in locking main
object stores look up table

add linked list traversal benchmark

Add array microbenchmark

modified Matrix multiply to take number of matrices as a parameter

text file for the run script

changes

race condition fixes

Changes:
1) nojava option to the buildscript to built the executable in tmpbuilddir
2) fixed prefetch analysis

various changes...
bug fix for transactions with a large number of objects

hacks to speed up prefetching...doesn't really help though..

bug fix

check LOCK versions

bug fix

check in code

Add multiple thread version

Em3d versions for 1,2, 4 threads

new makefile and rewritten benchmark

new makefile for running 1, 2 and 4 threads

Add script

bug fixes and some more changes

barrier bug fix

barrier bug -> new hack

barrier bug fix -> new hack and align prints

SOR benchmark

bug fixes and changes to the matrixmultiply benchmark

add java option to increase memory available to the JVM

Add correct atomic blocks to benchmark

New benchmark

fix compiler bug

Debug statements

add valueof method for booleans

Debug Barrier

add multi-thread simulator for multi-core version codes. Also add two new files in Runtime directory to hold multi-core related codes.

changes to the barrier and rearrange atomic statements in the run method

add our barrier

Add yield

bug fixes

bugs

Add new benchmark...still have compile errors

Test construction of disjoint graphs and let parameters have references
to a node in them.  These should not result in an alias.

Add java version of Crypt benchmark

fully compiled version of Crypt benchmark

make clearprefetch cache commands into barriers for prefetches

changes and bug fixes

more options

things to do

more changes

code changes

Properly use transitive closure of allocation sites when resolving
a FlatCall node, and related extensions to the node classes.

Needs some cleanup though!

Clean up code

add new option "-robustroot" to enable setting up ROBUSTROOT. Defaulty it is set as ~/research/Robust/src.

Comment out code that is breaking compile....please check in the code this needs to compile.