Bug fixes from running Coverity

fix signed/unsigned warning

bug fix with missing coherence condition for promises

Bug fix for broken treatment of promises + coherence based pruning to regain pruning lost by bug fix

Support for -x option

Annotation Support

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

run.sh: support running from a different directory

README.md: use HTML URL, not PHP

README.md: move copyright down

README.md: add detail for benchmarks

README.md: improve wording

README.md: add more fairness notes

Makefile: add README.pdf target

Using pandoc:

  http://johnmacfarlane.net/pandoc/

README.md: remove <pre></pre> tags

It's better to just use pure Markdown.

threads: kill clang warnings about struct/class Thread

We just need an opaque pointer for C, so we can retain the type safety
for C++ by conditionally compiling a '__thread_identifier' type as
'class Thread' for C++.

The warning:

  clang++ -MMD -MF .threads.o.d -fPIC -c threads.cc -Wall -g -O3 -Iinclude -I.
  In file included from schedule.cc:4:
  ./threads-model.h:41:1: warning: 'Thread' defined as a class here but previously declared as a struct [-Wmismatched-tags]
  class Thread {
  ^
  include/threads.h:9:1: note: did you mean class here?
  struct Thread; /* actually, class; but this is safe */
  ^~~~~~
  class

malloc: modify compiler warning workarounds

clang will complain when (in a function like this) we try to silence
"unused" warnings with a self-assignment. It's equivalently useless to
just cast to (void), and I think it will still silence the warning it
was originally trying to silence.

impatomic: silence more clang warnings

These 'return' values produce unused value warnings when the value
returned by _ATOMIC_STORE_, _ATOMIC_INIT_, and _ATOMIC_MODIFY_ aren't
used. Silence these warnings (but leave the ones for _ATOMIC_LOAD_)
because we expect that the result of RMW's or stores may rightly be
discarded in many cases.

test: silence some unused-value warnings

clang gives some warnings for unused values, like the following:

  clang -MMD -MF ./.rmw2prog.o.d -o rmw2prog.o rmw2prog.c -Wall -g -O3 -I.. -I../include -L.. -lmodel
  nestedpromise.c:14:2: warning: expression result unused [-Wunused-value]
          atomic_load_explicit(&z, memory_order_relaxed); // this is only for schedule control
          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  ../include/impatomic.h:2901:46: note: expanded from:
  #define atomic_load_explicit( __a__, __x__ ) \
                                               ^
  ../include/impatomic.h:85:17: note: expanded from:
                  __r__; })
                  ^~~~~
  1 warning generated.

README.md: have to include our headers

README.md: reverse store/load

README.md: add supported API section

README.md: add End of Execution Summary section

README.md: reporting multiple data races for the same access?

model: only print 'Total nodes' for verbose printing

Average users don't need to see this.

README.md: reformat

README.md: add linux locks example

README.md: update title

README.md: point non-git users to gitweb

README.md: push URLs down to See Also section

README.md: add extra blank lines

README.md: update much of the README

Integrate some info from the website and the OOPSLA artifact submission,
and improve the whole thing to be a single reference document.

main: suggest thrd_yield() for -y fairness

run.sh: set Mac OSX DYLD_LIBRARY_PATH

DYLD_LIBRARY_PATH is the Mac OSX equivalent of Unix LD_LIBRARY_PATH.

delete README symlink

Readers should just look at README.md, or the generated README.html.

LICENSE: add newline at end of file

test: insanesync: consolidate lines

test: insanesync: remove unnecessary casting

test: insanesync: convert to C++

The syntax is clearer this way, and I can make it more consistent with
the other satisfaction cycle examples I wrote.

test: addr-satcycle: add new address-based sat. cycle example

See the comments and assertion in the program for the description.

run.sh: don't silently ignore a non-executable file argument

If we use a file which exists but is not executable as an argument to
run.sh, run.sh will silently ignore it. This is wrong.

Instead, just check for existence of the file (or directory), and error
out with a "Permission denied" message later, when we try to run it.

test: mo-satcycle: add new MO satisfaction cycle example

See the comments at the top of the file.

test: uninit: typo

execution: remove redundant condition, reword doc for promises_may_allow

promises_may_allow() doesn't actually need to check for
promises.empty(), as the loop bounds take care of that. In the same
spirit, we can reword the comments/documentation so that

 (1) it is not redundant (condition (a) is subsumed by (b))
 (2) we are more explicit about what we actually mean by "crossing
     promises"

execution: document additional mo_may_allow() optimization

mo_may_allow() actually performs two optimizations, not just the one
that is documented in its header.

execution: document promises list; it is assumed to be sorted

Document the assumptions made about the 'promises' list.

model: remove redundant code (is_enabled)

These members should just stay implemented in execution.{cc,h}, not
model.{cc,h}.

docs: improve Doxygen documentation

* Fix the PROJECT_NAME title

* Add include/ to documentation

* Include our generated README.html as the main page in the docs

  - NOTE: Doxygen 1.8.0+ can directly generate documentation from the
    Markdown format (i.e., README.md). This may be useful in the future
    to get more integrated support, but for now, the
    separately-generated HTML is good enough

README: use markdown format for direct URL link

README: more formatting, correct statement about bench.sh

README: a few more formatting issues

Merge branch 'markdown'

README: add more `code` formatting

Add example from java showing legit satisfaction cycle

.gitignore: fixup VIM swapfile ignore

README: convert to Markdown format

Now we can easily generate an HTML version, while retaining readability
as a simple text file.

Markdown: add Markdown tool

For conversion of Markdown format to HTML.

From:

  http://daringfireball.net/projects/markdown/

License terms are easy to comply with (see doc/Markdown/License.text).

README: add bit on MODEL_ASSERT() macro

README: extra "from"

README: updated help text

model: cosmetic output improvements

A few cosmetic improvements:

* Provide more uniform newlines

* Clearly show which output is produced by the test program

* Provide clear heading to show which output belongs to which program
  execution

* Label the program trace if it has bugs

I'm sure there's more that could be improved, but that's it for now.

params: add multi-level verbosity

Now we can have --verbose=[012], so that the default (0) is still quiet,
the easy verbose flag (--verbose or -v) is noisy but useful (1), and if
you really want some extra noise, you can choose (2). Right now, there
is some minimal extra noise in (2), but this may be expanded if we want
more run-time debuggability, rather than recompiling with 'make debug'.

README: add LICENSE note

README: improve sections, provide better intro

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

README: add a few sections

execution: reformat execution traces

The execution printouts were getting too wide and weren't too easy to
read. This improves the situation marginally.

README: update help text

main: 'plug ins' -> 'plugins'

tests: Makefile: add dependency information

Now tests will be re-compiled whenever their include files are modified.

Makefile: remove more deferred variables

tests: Makefile: eliminate (some) recursive make

execution: bugfix - resolved promises should propagate synchronization

A new write ModelAction may resolve a Promise, completing a release
sequence and updating the read's clock vector. This update should be
propagated to any ModelAction later in the execution order which had
previously "happened after" the read.

execution: refactor common CV propagation into its own function

There are a few occasions where we want to "fixup" a series of clock
vectors after establishing lazy synchronization (and one place where we
currently have a bug). Refactor this out to its own function so I can
reuse it elsewhere.

typos

print some stats in SC Analysis

document and extend trace analysis interface

cleanup plugin interface a little more.
add support for options for SCAnalysis

add support for analysis with options

add traceanalysis support

Merge demsky's SC analysis fixup

scanalysis: don't rely on greedy search

Fix infrastructure to use search in cases where a greedy search is not
sufficient.

scanalysis: fixup spacing

test: sctest: fix warnings

Perhaps we wanted to print these variables? Anyway, just make them
global, so the warnings will go away:

  gcc -o sctest.o sctest.c -Wall -g -O3 -I.. -I../include -L.. -lmodel
  sctest.c: In function ‘b’:
  sctest.c:20:6: warning: unused variable ‘r1’ [-Wunused-variable]
  sctest.c: In function ‘c’:
  sctest.c:26:6: warning: unused variable ‘r2’ [-Wunused-variable]
  sctest.c: In function ‘d’:
  sctest.c:33:6: warning: unused variable ‘r3’ [-Wunused-variable]

Fix bug that prevents graph generation from compiling.
Check in test case that shows theorem that I've been trying to prove for 2 days is in fact not true (and thus difficult to prove).

action: improve "unintialized load" bug print

action: add get_{type,mo}_str() accessors

The big switch/case statements can be shortened and separated into their
own functions.

Merge remote-tracking branch 'private/master'

README: update text

bug...will sometimes print SC traces in a bad order

cleanup printing

Rework how we present non-SC traces...previous presentation didn't make reasons clear.

snapshot-interface: bugfix - terminate string from readlink()

readlink() doesn't terminate the string for us, so our string doesn't
match properly (it will have a little extra garbage at the end).

snapshot: debugging - show the snapshot regions that are added

snapshot-interface: don't snapshot libmodel.so

We don't need to snapshot our own globals; we are careful to only place
constant pointers in global memory.

snapshot: use perror()

main: support long options, improve help message

execution: improve documentation

is_yieldblocked() wasn't documented

check_action_enabled() had incorrect documentation, since I removed the
waiter lists

execution: improve yield-blocking structure

We should just check the yieldblock parameter within
ModelExecution::is_yieldblock().

TMP: improve debugging, remove print_trace()